شناسایی تفاوت های ژنتیکی بین گاوهای نژاد هلشتاین و آمیخته های بومی شمال غرب ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی

انتخاب برای افزایش فراوانی جهش های جدید که فقط در بعضی زیر جمعیت ها مفید هستند، باعث باقی ماندن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. اغلب این مناطق با ژن ها و QTL های کنترل کننده صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند.

به منظور شناسایی تفاوت های ژنتیکی بین گاوهای شیری هلشتاین و آمیخته های بومی شمال غرب ایران، از اطلاعات ژنومی 60 راس گاو هلشتاین و 100 راس گاو آمیخته بومی شمال غرب ایران استفاده شد. بعد از اطمینان از ساختار مجزای جمعیت های مورد مطالعه، آماره های FST، XP-EHH و Rsb جهت شناسایی نشانه های انتخاب استفاده شد.

به ترتیب تعداد 21، 16 و 24 منطقه ی ژنومی که حدود آستانه ای آماره های مربوطه را گذرانده بودند، با آماره های FST، XP-EHH و Rsb به عنوان نشانه های انتخاب، تعیین شدند. مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطق ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (ARS-UCD1.2 Bos Taurus Genome)، هم ردیف سازی و در نهایت تعداد 104 و 134 ژن به ترتیب از روش FST و روش های مبتنی بر LD، شناسایی شدند.

برخی از ژن های شناسایی شده در مسیرهای متابولیکی مرتبط با چشایی، بویایی، مسیرهای متابولیکی سنتز چربی ها، مقاومت در برابر عوامل بیماری زا و نیز عملکرد تولید مثلی نقش دارند. همچنین برخی از ژن های شناسایی شده از طریق مسیر سیگنالینگ WNT  (Wingless-type) با تولید شیر در ارتباط هستند. مناطق ژنومی تحت انتخاب جهت آنالیزهای بیشتر و یافتن شبکه های ژنی مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. این آنالیزها توسط نرم افزار آنلاین و مرتبط با پایگاه داده های ژنومی (DAVID) انجام گرفت. یک مورد شبکه ژنی معنی دار (9-10× 5/4 p<) شناسایی شد. این شبکه ژنی با گیرنده های چشایی و بیشتر برای تشخیص مزه های تلخ ارتباط داشتند. شناسایی جایگاه های تحت انتخاب، علاوه بر درک بهتر چگونگی عمل انتخاب طبیعی و مصنوعی روی نژاد هلشتاین و آمیخته های شمال غرب ایران، می تواند به شناسایی QTLها و نواحی مرتبط با صفات اقتصادی مهم کمک کند. به طور کلی، جهت شناسایی نقش دقیق این ژن ها و QTLها باید مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام گیرد.