بررسی بیان و تیترآنتی بادی پروتئین نوترکیب نوکلئوکپسید به عنوان یک کاندید ایمونوژن علیه ویروس سارس کوو2

همه گیری بیماری کووید-19 نتیجه عفونت ناشی از ویروس سارس کوو2 است. آنالیز تکاملی بر اساس هم ردیفی توالی اسید نوکلییک نشان می دهد سارس کوو2 عضوی از جنس بتا کروناویروس ها بوده و ژنوم آن متشکل از یک RNA تک رشته ای مثبت و کد کننده 16 پروتیین می باشد. در بین پروتیین های ساختاری نوکلیوکپسید فراوان ترین پروتیین در کروناویروس ها بوده و توالی آمینواسیدی آن تا حد زیادی حفاظت شده است. با توجه به بروز جهش های زیاد در پروتیین اسپایک، هدف از این تحقیق بررسی بیوانفورماتیکی، بیان پروتیین نوکلیوکپسید و ارزیابی ایمونژنیسیتیه آن به عنوان یک کاندید ایمونوژن بود.

 بررسی اپی توپ های سلول B و T پروتیین نوکلیوکپسید در پایگاه داده IEDB انجام شد. پلاسمید pET28a-N به میزبان بیانی E.coli BL21 (DE3) ترانسفر و بیان پروتیین نوترکیب با القاگری IPTG انجام شد. تخلیص پروتیین نوترکیب با روش کروماتوگرافی تمایلی ستون Ni-NTA انجام و جهت تایید آن از روش وسترن بلاتینگ استفاده گردید. در نهایت ایمنی زایی موش ها با پروتیین نوترکیب طی سه دوز صورت گرفت.

 ژن بهینه سازی شده شاخص سازگاری کدون 97/0 را دارا شد. درصد کدون های با شیوع بالا در ژن به 85 درصد بهبود یافت. بیان پروتیین نوترکیب در میزبان E.coli منجر به تولید پروتیین نوترکیب با وزن 45 کیلودالتون شد. میزان پروتیین خالص شده برای هر لیتر از محیط 43 میلی گرم بود. ایمن سازی موش ها پاسخ آنتی بادی سرمی را القا کرد. آنالیز های آماری نشان داد که میزان تیتر آنتی بادی در مقایسه با نمونه کنترل به طور قابل توجهی تفاوت معنی داری دارد و تیتر آنتی بادی تا رقت 256000/1 قابل قبول بود.

 طبق نتایج این پژوهش، پروتیین نوترکیب نوکلیوکپسید می تواند به عنوان یک کاندید ایمونوژن جهت توسعه واکسن های علیه ویروس سارس کوو2 در تحقیقات بعدی استفاده شود.