تجزیه و تحلیل ساختار ژنتیکی و فیلوژنتیکی ژنوم میتوکندریایی گونه های وحشی و اهلی بز

DNA  میتوکندریایی یکی از پرکاربردترین نشانگرهای مولکولی برای مطالعات فیلوژنتیک در حیوانات به علت ساختار ساده ژنوم آن است که یک مدل ایده آل برای مطالعه تکامل و تشابه ژنتیکی ارایه می دهد. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی شباهت ها و تفاوت های ژنتیکی و فیلوژنتیکی با استفاده از توالی کامل ژنوم میتوکندریایی به همراه توالی های جداگانه 13 ژن رمزگر پروتیین به طور جداگانه به ازای هر ژنوم، در بین هشت گونه بز وحشی و بز اهلی بود.

در این مطالعه توالی های کامل ژنوم میتوکندریایی و همچنین توالی 13 ژن رمزگر پروتیین به طور جداگانه به ازای هر ژنوم مربوط به هفت نژاد بز وحشی شامل (Markhor (C. falcoeri, Capra,،Capra nubiana، Capra pyrenaica, Capra ibex sibirica, Capra caucasica,Capra aegagrus) و نژاد بز اهلی (Capra hircus) از پایگاه داده ها NCBI استخراج شدند. هم ردیفی چندگانه ژنوم ها و توالی نوکلیوتیدی 13 ژن رمزگر پروتیین به ازای هر ژنوم، با استفاده از نرم افزار DNASTAR بانام MegAlign و با روش Clustal W انجام شد؛ و برای محاسبه واگرایی و درصد شباهت ژنتیکی ژنوم ها و توالی های نوکلیوتیدی از بخش دیگر نرم افزار DNASTAR به نام Sequence Distances استفاده شد؛ برای آنالیز فیلوژنتیکی ژنوم کامل میتوکندریایی و توالی 13 ژن رمزگر با نرم افزاری MEGA7 هم تراز شدند.

بر اساس آنالیز های انجام شده مشخص شد که بیشترین شباهت در بین توالی های نوکلیوتیدی ژنوم کامل میتوکندریایی (99/50) بین بز اهلی (Capra hircus) و بز وحشی Capra aegagrus و کمترین درصد شباهت (93/79) بین نژاد Capra nubiana با بز وحشی Capra sibirica وجود دارد. هم چنین، بر اساس نتایج درخت فیلوژنتیکی مشخص شد که نژادهای بز اهلی (Capra hircus) و بز وحشی Capra aegagrus در یک گروه و نژاد وحشی Capra ibex و Capra pyrenaica در یک خوشه متمایز دیگر تقسیم بندی شده اند.

در این مطالعه، تمام نتایج بدست آمده از آنالیز توالی کل ژنوم میتوکندریایی با نتایج حاصل از توالی 13 ژن رمزگر پروتیین به ازای هر ژنوم مطابقت داشت که نشان دهنده خوشه بندی صحیح نژادهای بز وحشی و اهلی می باشد؛ بنابراین می توان از توالی های ژنوم میتوکندری به عنوان یک نشانگر ژنتیکی مناسب در جهت تجزیه وتحلیل دقیق فیلوژنتیک و خوشه بندی گونه های مختلف بز استفاده کرد.