مطالعه فیلوژنی، مولکولی و تکاملی ژن PALM در گوسفند

پارالمین، پروتیین غشایی متصل به لیپید، در روند شکل گیری سلول نقش دارد. دراین مطالعه توسط از بانک اطلاعاتی NCBI و BLAST، توالی نوکلیوتیدی و اسید آمینه ای ژن PALM در گوسفند و چندین گونه دیگر بدست آمد. دمین های پروتیینی توسط نرم افزار MotifScan و CDD و موتیف ها و عملکرد احتمالی پروتیین پارالمین در گوسفند توسط نرم افزارهای ProDam و PANTHER، و اثرات متقابل پروتیین پارالمین با دیگر پروتیین ها توسط نرم افزار STRING شناسایی شدند. پیش بینی ساختار سه بعدی پروتیین با استفاده از نرم افزارهایI- TASSER و 2 PHYRE و جهت ترسیم درخت فیلوژنی، از نرم افزار MEGA6استفاده شد. این پروتیین دارای 3 موتیف دخیل در تنظیم شکل سلول و سازماندهی اسکلت سلولی و باند شدن با پروتیین کیناز A و گیرنده دوپامین D3 می باشد. عملکرد این پروتیین در مسیرهای انتقال سیگنال گزارش شد، که توسط یک سیگنال در تعامل با یک گیرنده، باعث تغییر در سطح یا فعالیت یک پیامبر ثانویه و در نهایت ایجاد تغییر در عملکرد سلول می شود. نتایج پیش بینی ساختار دوم و سوم پروتیین پارالمین، وجود مارپیچ پیچ خورده و نقش آن در تعامل با دیگر پروتیین ها را نشان داد. روند تکاملی ژن پالم و ایزوفرم های آن در گونه های مختلف نشان داد که ایزوفرم PALM3 در طی روند تکاملی تحت فشار انتخاب بالا، زودتر از دیگر ایزوفرم ها جدا شده است. با توجه به وجود سه موتیف در توالی پروتیین پارالمین و مشابهت ساختاری آن با زنجیره A پروتیین تروپومیوزین در گوسفند، این پروتیین نقش مهمی را در تعامل با دیگر پروتیین ها در سطح غشای سلولی ایفا می کند.