استفاده از سه روش مولکولی متفاوت در شناسایی الگوی ژنتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ژنوتایپ بیجینگ

سویه بیجینگ بیش از 4/1 مایکوباکتریوم توبرکلوزیس در سرتاسر جهان را تشکیل می دهد. این سویه ویژگی های مهمی از جمله داشتن ارتباط با مقاومت چند دارویی دارا می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی الگوی ژنتیکی سویه های بیجینگ (Beijing) با استفاده از روش های اسپولیگوتایپینگ، تایپینگvariable number tandem repeat (VNTR)و RFLP-IS6110 می باشد.
سویه کشت مثبت 238 مسلول ریوی (سال 1387-1386) با استفاده از روش اسپولیگوتایپینگ تعیین شد. سپس سویه های بیجینگ جدا شده به روش RFLP و VNTR مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیز داده های RFLP با استفاده از نرم افزار Gel campair صورت گرفت و داده های اسپولیگوتایپینگ پس از مقایسه با اطلاعات موجود در بانک جهانی اسپولیگوتایپینگ (SPOLDB4) آنالیز شدند. با روش VNTR تنوع آللی 9 لوکوس MPTR-A)، ETR-A، ETR-B، ETR-C، ETR-D، ETR-E، ETR-F، QUB 11b،(QUB3232 در سویه های بیجینگ بررسی شد. با استفاده از آزمون (HGI) Hunter Gaston Index تنوع اللی هر یک از لوکوس ها در سویه های بیجینگ محاسبه گردید.
روش اسپولیگوتایپینگ، 8 گونه مایکو باکتریوم توبر کلوزیس(EA12، EA13، T، U، Haarlem CAS 2، CAS 1، Beijing) را شناسایی کرد. با استفاده از روش VNTR typing، لوکوس QUB 3232 به عنوان لوکوس بسیار افتراق دهنده (HGI ≥ 0.6) و لوکوس هایETR-F، ETR-E و QUB 11b به عنوان لوکوس های افتراق دهنده متوسط (HGI ≥ 0.4-0.6) و سایر لوکوس ها به عنوان ضعیف ترین لوکوس افتراق دهنده در سویه های بیجینگ، شناسایی شدند. در روش VNTR typing،10 سویه (77%) و در روش RFLP، 13سویه از 13 سویه بیجینگ (100%) الگوی متفاوت از خود نشان دادند.
تنوع در الگوی ژنتیکی نشان دهنده فعال شدن مجدد (reactivation) در جمعیت مورد بررسی می باشد. به دلیل هزینه بالا و اتلاف وقت در روش RFLP، می توان از روش VNTR typing همراه با اسپولیگوتایپینگ برای مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی سل استفاده کرد