کاربرد خوشه بندی فازی در تحلیل پروتئین های مرتبط با سرطان های مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستی شناسی ژنی

به دلیل ایجاد حجم عظیمی از داده های پروتئومیکی و نیاز به روش های جدید تحلیل نتایج آزمایشگاهی، تحلیل جمعی پروتئین ها می تواند علاوه بر صرف زمان کم تر ما را در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه داده ها یاری کند. تحلیل خوشه ایبه عنوان یک روش آماری مطلوب، ابزاری است که می تواند در تحلیل این گونه داده ها مورد استفاده قرار گیرد. هدف از این پژوهش ارزیابی کارایی روش خوشه بندی فازی در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش بوده است.
در این پژوهش پروتئین های شناسایی شده مرتبط با سرطان های مری، معده و کلون مورد تحلیل خوشه بندی فازی قرار گرفته اند. بر اساس هر یک از ابعاد هستی شناسی ژنی (Gene Ontology) شامل فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد مولکولی، به طور جداگانه روش خوشه بندی فازی اجرا گردید و نتایج حاصله با هم مقایسه شدند.
پس از خوشه بندی فازی پروتئین ها، مقدار شاخص غیر فازی بر اساس فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد ملکولی به ترتیب 41/0، 55/0 و 35/0 به دست آمد که مخصوصا در مورد خوشه بندی بر اساس کارکرد ملکولی نشان دهنده مناسبت روش خوشه بندی فازی بوده است. با وجود چشم گیر نبودن عرض سایه نمای کل خوشه بندی های حاصل، اکثر پروتئین ها در هر خوشه دارای اشتراکات بیولوژیکی قابل توجه شدند. با بکارگیری نرم افزار Term Enrichment و تعیین عبارت های غنی شده آماری در مجموعه کل داده ها و در خوشه ها مشخص شد که روش خوشه بندی فازی به خوبی توانسته است الگوهای تفسیر جدیدی را در مجموعه داده ها آشکار سازد.
با بررسی نتایج حاصل از خوشه بندی فازی مشخص شد که این روش می تواند در جهت تحلیل بهتر و انعطاف پذیرتر پروتئین ها مورد استفاده قرار گیرد. روش خوشه بندی فازی، پروتئین هایی را که دارای تشابهات بیش تری بوده اند با احتمال بیش تری در کنار هم قرار داده است، لذا می توان از این روش در حالت هایی که مشخصه های برخی از پروتئین ها مجهول می باشد، استفاده نمود. هم چنین مشخص شد پروتئین هایی که بر اساس تشابهات مولفه سلولی در کنار هم قرار می گیرند دارای تشابهات بیولوژیکی و عمل کردی نیز هستند که این مساله باید مورد بررسی های بیش تر قرار گیرد.