بررسی تنوع ژنتیکی لاکتوباسیل های جدا شده از محصولات لبنی سنتی ایران توسط RAPD PCR

لاکتوباسیل ها متشکل از ارگانیزم های گرم مثبت، کاتالاز منفی، بدون اسپور و میله ای شکل هستند و بیش از 90 گونه از این باکتری شناخته شده است. سوش های متعددی از لاکتوباسیل های پروبیوتیک در طیف وسیعی از محصولات غذایی انسان ها وجود دارند. ظرفیت های پروبیوتیکی وابسته به سوش می باشند، انتخاب متدهای قابل اطمینان برای شناسایی لاکتوباسیل ها از اهمیت خاصی برخوردار است با توجه به وقت گیر بودن و ابهام آمیز بودن روش های بیوشیمیایی، روش های مولکولی مناسب تر و دقیق تر بوده و جایگزین روش های قبلی شده اند. هدف از این تحقیق، شناسایی لاکتوباسیل های جداشده از محصولات لبنی سنتی ایران با استفاده از مارکرهای RAPD به عنوان یک ابزار موثر در طبقه بندی لاکتوباسیل ها و بررسی تنوع ژنتیکی در سویه های جدا شده می باشد.
در این مطالعه 20 ایزوله از محصولات لبنی مختلف جدا شدند و پس از کشت بر روی محیط اختصاصی MRS استخراج DNA از باکتری ها انجام شد و برای بررسی تنوع ژنتیکی از مارکرهای RAPD استفاده شد.
از 20 پرایمر به کار رفته در این تحقیق، 19 پرایمر باندهای قابل کد گذاری ایجاد کردند. تعداد کل باندهای تکثیر شده توسط کل پرایمرها، 225 عدد برآورد شد که شامل 219 باند پلی مورف، 6 باند مشترک و 63 باند اختصاصی بود. توسط نرم افزار NTSYS - PC ماتریس تشابه بر اساس ضریب Jaccard برای ژنوتیپ ها محاسبه شد. سپس گروه بندی ایزوله ها با روش UPGMA و NJ توسط نرم افزار NTSYS - PC انجام گرفت و نتایج یکسان و مشابهی از مقایسه گروه بندی با دو روش مختلف حاصل شد.
براساس ماتریس تشابه k2l3 و y1m4 بیشترین تشابه ژنتیکی را با یکدیگر نشان دادند و در هر دو دندروگرام با هم در یک گروه قرار گرفتند. در گروه بندی براساس روش UPGMA دو شاخه اصلی A و B وجود داشت. شاخه اصلی A به دو زیر گروه با ژنوتیپ های c6m3، y1l4، y2f3 و c1d2 و شاخه اصلی B نیز به دو گروه با ژنوتیپ های c2h1، d3b1، y2c4، k2l3، y1m4 و p تقسیم شدند.