فهرست مطالب

نشریه دانش زیستی ایران
سال شانزدهم شماره 3 (پاییز 1400)

  • تاریخ انتشار: 1401/03/19
  • تعداد عناوین: 6
|
  • قاسم حبیبی بی بالانی* صفحات 1-20

    از موارد بسیار مهم در کاربرد گیاهان به صورت دارویی و تغذیه ای علاوه بر دانستن اسامی علمی، اسامی بومی و محلی آنان نیز دارای اهمیت ویژه ای می باشد تا محققین بتوانند از طریق آن به دانش بومی اقوام مختلف به راحتی دسترسی پیدا کنند. از همین رو دانستن اسامی محلی به عنوان بخش از داده های زبان شناسی اجتماعی دارای اهمیت می باشد که این نوع مطالعه، نوعی از مطالعات زبانی می باشد که آن را به عنوان یک موضوع فرهنگی می شناسند که دارای ارتباط تنگاتنگ با روابط اجتماعی جامعه ای که به آن زبان سخن می گوید است. یکی از مواردی که در گویش های محلی نقش مهمی دارد، اسامی گیاهان شامل علف ها، درختان و درختچه ها می باشد. استان های مختلف ایران دارای خرده فرهنگ های متفاوت و نیز تنوع گویشی و لهجه های مختلف که گاها دارای منشاء مشترک و در مواردی هم به صورت مستق از هم می باشند. در این تحقیق سعی شد که با مراجعه و بررسی منابع معتبر اسامی محلی گیاهان ثبت گردد. پس از بررسی بیش از 1500 نام محلی در نقاط مختلف کشور برای گیاهان جمع آوری گردید که در این مقاله 246 نام محلی برای درختان در استان مختلف که عمدتا اسامی مورد استفاده در لهجه های مختلف گویشی می باشند، ارایه شده است.

    کلیدواژگان: نام محلی، درختان، درختچه ها، گویش
  • مهرعلی محمودجانلو*، حسن صاحب جمعی، الهام تازیکه لمسکی صفحات 21-32
    ظهور برخی جهش ها در دامنه اتصال گیرنده ویروس کوید 19 (SARS-CoV-2 (RBD)) می تواند به دلیل تغییرات ساختاری و افزایش پایداری پروتیین سنبله (spike protein)، باعث گسترش و افزایش بیماری زایی در انسان شود. با توجه به شکل گیری سویه های مختلف SARS-CoV-2 توسط جهش ها و تاثیر فاجعه بار آنها بر سلامت عمومی، مطالعه تاثیر جهش توسط دانشمندان و محققان در سراسر جهان اجتناب ناپذیر است. طبق شواهد موجود، نوع S494P در چندین سویه SARS-CoV-2 از میشیگان، ایالات متحده مشاهده شده است. برای بررسی اینکه چگونه جهش طبیعی S494P میل اتصال گیرنده را در RBD تغییر می دهد، ما تجزیه و تحلیل ساختاری پروتیین های سنبله نوع وحشی و جهش یافته را با استفاده از برخی روش های بیوانفورماتیک و ابزارهای محاسباتی انجام دادیم. نتایج نشان می دهد که جهش S494P باعث افزایش پایداری پروتیین سنبله می شود. همچنین، بررسی داکینگ مولکولی با استفاده ازHADDOCK تمایل اتصال بالاتری به hACE2 برای سنبله جهش یافته نسبت به نوع وحشی را نشان می دهد که احتمالا به دلیل افزایش ساختارهای ثانویه رشته بتا و Turn است که باعث افزایش سطح قابل دسترسی سطح (SASA) و احتمال برهمکنش می شود. تجزیه و تحلیل S494P به عنوان یک جهش مهم RBD ممکن است نظارت مستمر جهش های سنبله را برای کمک به توسعه داروها و واکسن های COVID-19 فراهم کند.
    کلیدواژگان: کوید 19، پروتئین سنبله، S494P، داکینگ، شبیه سازی دینامیک مولکولی
  • سید محمدمهدی موسوی*، مجتبی فلاح، ندا جعفری جوشقان صفحات 33-40

    امروزه میکروارگانیسم ها با ایجاد جهش ژنی نسبت به داروها مقاومت پیداکردند. این مطالعه با هدف تعیین مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری های گرم منفی جداشده از کشت ادرار در سطح آزمایشگاه شهرستان سوادکوه انجام گرفت. مطالعه به روش مقطعی - توصیفی روی باکتری های گرم منفی جدا شده از عفونت ادراری در سطح آزمایشگاه سوادکوه انجام گرفت. شناسایی ایزوله های باکتریایی به روش میکروسکوپی، بررسی مورفولوژی و تست های بیوشیمیایی انجام شد. تعداد 50 نمونه از باکتری های گرم منفی عامل عفونت ادراری، 5 مورد (%10) از مردان و 45 مورد(%90) از زنان جدا شد. با توجه به پژوهش انجام شده دو باکتری گرم منفی شایع عفونت ادراری بر اساس درصد عفونت زایی در این پژوهش که شامل: E.Coli (62%)، و Klebsiella (30%) و بقیه گرم منفی ها (8%) هستند ، از نمونه ادرار جداشدند که با توجه به انجام تست آنتی بیوگرام ، بیشترین موارد مقاومت به ترتیب مربوط به آنتی بیوتیک های آمپی سیلین ، نالیدیکسیک اسید و سفازولین است. از سوی دیگر بیشترین حساسیت به ترتیب مربوط به آنتی بیوتیک های نیتروفورانتویین ، سولفامتوکسازول تری متوپریم و سیپروفلوکساسین می باشد.

    کلیدواژگان: باکتری، عفونت ادراری، الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی
  • شهرام لاسمی، ابراهیم علایی*، رضا ارجمندی، امیرحسام حسنی صفحات 41-51

     مطالعه حاضر پژوهشی توصیفی-مقطعی می باشد. در حال حاضر، مدیریت محیط زیستی لجن فاضلاب یک چالش بزرگ در زمینه ی مهندسی محیط زیست است. راه حل های جدید موثر برای تصفیه فاضلاب منجر به بهبود کیفیت پساب نهایی شده، اما حجم لجن فاضلاب تولید شده را به میزان قابل توجهی افزایش می دهد. این تحقیق وضعیت مدیریت زیست محیطی لجن فاضلاب تصفیه خانه بهداشتی مجتمع ورزشی و آموزشی محمودآباد وابسته به شرکت ملی نفت، به منظور تولید کمپوست و مقایسه آن برای جایگزینی با کودهای شیمیایی رایج را بررسی نموده است.برای انجام این پژوهش، لجن موردنیاز از بسترهای لجن خشک کن تصفیه خانه فاضلاب مجتمع ورزشی و آموزشی محمودآباد تهیه و روش مورد استفاده کمپوست هوازی لجن به صورت ویندرو بوده و در فاصله زمانی3 مرحله 20 روزه انجام گرفت.این پژوهش با هدف بررسی اثر فاضلاب و کمپوست حاصل از لجن فاضلاب شهری محمود آباد و همچنین بررسی وضعیت مدیریت زیست محیطی لجن فاضلاب تصفیه خانه بهداشتی مجتمع ورزشی و آموزشی محمودآباد وابسته به شرکت ملی نفت، به منظور تولید کمپوست و مقایسه آن برای جایگزینی با کودهای شیمیایی رایج انجام شد. نتایج این تحقیق نشان داد که درصد موادآلی موجود درکمپوست حاصل از لجن فاضلاب شهری محمود آباد کیفیت مطلوبی دارد. تغییرات دما، pH، درصد کربن و نیتروژن در نمونه ها در محدوده قابل قبول و مطلوب است.

    کلیدواژگان: مدیریت زیست محیطی، لجن فاضلاب تصفیه خانه بهداشتی، محمودآباد، کمپوست
  • سینا نوری زاده، رضا خاک ور* صفحات 55-67

    یکی از مهم‏ترین عناصر اکوسیستم‏های گیاهی، باکتریهای همراه گیاهان می‏باشند. این باکتری‏ها بصورت داخلی (اندوفیت) و یا به صورت خارجی (اپی‏فیت) در اندام‏های مختلف گیاهان زندگی می‏کنند و تاثیرات متفاوتی در چرخه زندگی گیاهان دارند. این باکتری‏ ها در محیط طبیعی خود پیوسته در معرض ترکیبات شیمیایی ضد میکروبی گیاهان یا مواد سمی تولید شده توسط دیگر میکروارگانیسم های قرار دارند. باکتری‏های همراه گیاهان با روش‏های گوناگونی به مقابله با این ترکیبات سمی می‏پردازند که یکی از این روش‏ها استفاده از سیستم‏های تراوشی است. در همه باکتری‏ها نوعی مکانیسم تراوش فعال، مسیول انتقال و دفع مواد ضد میکروبی به خارج از سلول می‏باشد. این فرایند سلولی همراه با مصرف انرژی می‏باشد که انرژی آن از هیدرولیز آدنوزین تری فسفات (ATP) یا از شیب الکتروشیمیایی ایجاد شده در اثر انتقال یون‏های سدیم یا هیدروژن به خارج از سلول تامین می‏شود. این پمپ‏ها، ناقل‏های پروتیینی هستند که از روی کروموزوم یا پلاسمید کد می‏شوند و علاوه بر اینکه نقش کلیدی در مقاومت دارویی دارند، دارای عملکردهای فیزیولوژیکی دیگری نیز هستند. این مقاله نقش‏ سیستم‏های تراوشی در باکتری‏های همراه گیاهی را مرور کرده و به طور مختصر ارتباط تنظیم‏گرهای رونویسی را با این سیستم‏ها مورد بررسی قرار می‏دهد.

    کلیدواژگان: مقاومت باکتریایی، تراوش فعال، آنتی بیوتیک، زنوبیوتیک
  • ملیحه جهانی*، رمضانعلی خاوری نژاد، هما محمودزاده، سارا سعادتمند، صدیقه جهانی صفحات 69-85

    نانوذرات اکسید کبالت (Co3O4) به عنوان یکی از پرکاربردترین نانوذرات مغناطیسی در صنایع مختلف می باشند و برهمکنش آن ها با محیط زیست قابل پیش بینی است. هدف از این پژوهش بررسی اثر تیمار نانوذرات Co3O4 بر روی ویژگی های ساختار و فراساختار برگ گیاه کلزا بود. بذرها در گلدان ها تحت شرایط گلخانه ای کاشته شدند و بعد از دو هفته، گیاهچه ها با نانوذرات Co3O4 (0 و 4000 میکروگرم بر میلی لیتر) به صورت اسپری برگی به مدت پنج هفته تیمار شدند. سپس تغییرات مورفولوژیکی برگ اندازه گیری شد. همچنین نمونه برداری از برگ گیاه شاهد و تیمار نانوذرات جهت بررسی تغییرات ساختاری و فراساختاری انجام گردید. مراحل آماده سازی بافت انجام شد و نمونه ها با میکروسکوپ های نوری و الکترونی گذاره (TEM) بررسی شدند. تغییرات مورفولوژیکی شامل کاهش طول، عرض و سطح برگ کلزا تحت تیمار نانوذرات Co3O4 مشاهده شد. همچنین تغییرات فراساختاری سلول های مزوفیلی برگ گیاه کلزا تحت تیمار نانوذرات Co3O4 شامل کاهش تعداد کلروپلاست ها و متورم شدن آن ها، تجمع و رسوب نانوذرات در واکویل و دیواره سلولی، مشاهده اجسام پروتیینی، افزایش اندازه پلاستوگلبول ها و دانه های نشاسته در کلروپلاست ها مشاهده شد. علاوه بر این، نتایج سنجش عنصری کبالت به روش های اسپکترومتری نشری پلاسمای جفت شده القایی (ICP-OES) و طیف سنجی پراش انرژی پرتو ایکس (EDX)، هم راستا با نتایج TEM، نشان دهنده ی جذب و تجمع نانوذرات Co3O4 در برگ گیاه کلزا بود. آسیب های فراساختاری در نتایج TEM بیانگر سمیت غلظت بالای نانوذرات Co3O4 در سطح سلولی بود. بنابراین اثرات خطرات احتمالی نانوذرات Co3O4 بر روی گیاهان زراعی دیگر و محیط زیست باید در نظر گرفته شود.

    کلیدواژگان: اسپکترومتری نشری پلاسمای جفت شده القایی (ICP-OES)، طیف سنجی پراش انرژی پرتو ایکس(EDX)، کلزا، میکروسکوپ الکترونی گذاره (TEM)، نانوذرات اکسید کبالت
|
  • Ghassem Habibi Bibalani * Pages 1-20

    One of the most important issues in the use of plants in medicine and nutrition, in addition to knowing the scientific names, their native and local names are also of special importance so that researchers can easily access the indigenous knowledge of different ethnic groups. Therefore, it is important to know local names as part of social linguistic data. This type of study is a type of linguistic study that is known as a cultural subject that is closely related to social relations. It is a community that speaks that language. One of the important factors in local dialects is the names of plants including grasses, trees and shrubs. Different provinces of Iran have different subcultures as well as a variety of different dialects and dialects that sometimes have a common origin and in some cases are directly related to each other. In this study, we tried to record the local names of plants by referring to reliable sources. After reviewing more than 1500 local names in different parts of the country for plants were collected. In this article, 246 local names for trees in different provinces, which are mainly names used in different dialects, are presented.

    Keywords: Local name, trees, Shrubs, Dialect
  • Mehr Ali Mahmood Janlou *, Hasan Saheb Jamii, Elham Tazikeh Lemeski Pages 21-32
    The emergence of some mutations in the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) can increase the spread and pathogenicity due to the conformational changes and increase the stability of Spike protein. Due to the formation of different strains of SARS-CoV-2 by mutations, and their catastrophic effect on public health, the study of the effect of mutations by scientists and researchers around the world is inevitable. According to available evidence, the S494P variant is observed in several SARS-CoV-2 strains from Michigan, USA. To investigate how the S494P natural mutation alters receptor binding affinity in RBD, we performed structural analysis of wild-type and mutant spike proteins using some bioinformatics and computational tools. The results show that S494P mutation increases the spike protein stability. Also, applying docking by HADDOCK displayed higher binding affinity to hACE2 for mutant spike than wild type possibly due to the increased β-strand and Turn secondary structures which increases surface accessibly surface area (SASA) and the chance of interaction. The analysis of S494P as a critical RBD mutation may provide the continuing surveillance of spike mutations to aid in the development of COVID-19 drugs and vaccines.
    Keywords: SARS-CoV-2, Spike protein, RBD, S494P, MD simulation, docking
  • Seyed mohammadmahdi Mousavi *, Mojtaba Fallah, Neda Jafari Jushqhan Pages 33-40

    Today, microorganisms have become resistant to drugs by causing genetic mutations. The aim of this study was to determine the antibiotic resistance of gram-negative bacteria isolated from urine culture in the laboratory of Savadkuh city. The cross-sectional descriptive study was performed on gram-negative bacteria isolated from urinary tract infections in Savadkuh laboratory. Bacterial isolates were identified by microscopic examination, morphology and biochemical tests. Fifty samples of gram-negative bacteria causing urinary tract infections were isolated from 5 cases (10%) of men and 45 cases (90%) of women. According to the study, the two most common gram-negative bacteria in urinary tract infections are based on the percentage of infectivity in this study, which include: E.Coli (62%), and Klebsiella (30%) and other gram-negative (8%), They were isolated from urine samples. According to the antibiogram test, the most cases of resistance were related to the antibiotics ampicillin, nalidixic acid and cefazolin, respectively. On the other hand, the most sensitive drugs are nitrofurantoin, sulfamethoxazole trimethoprim and ciprofloxacin, respectively.

    Keywords: Bacteria, Urinary tract infections, pattern of antibiotic resistance
  • Shahram Lasemi, Ebrahim Alaie *, Reza Arjmandi, AmirHesam Hassani Pages 41-51

    Currently, the environmental management of wastewater sludge is a major challenge in environmental engineering. New effective solutions for wastewater treatment lead to improved final effluent quality but significantly increase the volume of wastewater sludge produced. This study investigated the environmental management status of the sewage sludge of the sanitary treatment plant of the Mahmoudabad Cultural, Recreational, and Sports Complex affiliated to the National Oil Company to produce compost and compare it for replacement with conventional chemical fertilizers.The present study is descriptive-cross-sectional. The required sludge was prepared from the sludge dryer beds of the wastewater treatment plant of Mahmoudabad Cultural, Recreational, and Sports Complex, and the method used was aerobic sludge compost by the wind. Windrow size was 1/2 m high, 1.5 m wide, and 2.5 m long and was performed in 3 stages of 20 days.This study showed that the percentage of organic matter in the compost obtained from the municipal sewage sludge of Mahmoud Abad is of good quality. Changes in temperature, pH, percentage of carbon and nitrogen in the samples were in the acceptable range. Considering the environmental conditions and nutritional needs of plants, it can be said that bio fertilizers and especially compost from wastewater treatment, can play a positive role in plant growth and yield under drought stress.

    Keywords: Environmental Management, Sanitary Wastewater Treatment Sludge, compost
  • Sina Nourizadeh, Reza Khakvar * Pages 55-67

    Plant Associated Bacteria are one of the most important elements of plant ecosystems. These bacteria live internally (endophytes) or externally (epiphytes) in different plants organs and have various effects on the life cycle of plants. These bacteria are constantly exposed to different antibacterial compounds which are secreted from plants and other epiphytic microorganisms in their natural habitat. Plant-associated bacteria deal with these toxic compounds in a variety of ways, one of which is the use of efflux systems. An active efflux mechanism is responsible for the transportation of antibacterial compounds out of the cell. This process is associated with energy consumption which is provided from ATP hydrolysis or electrochemical gradient. These pumps are protein vectors that express from chromosome or plasmid and not only have critical rule in drug resistance, also have other physiological proceeds. The rule of efflux systems in plant-associated bacteria and their relation with transcription regulatory are discuss in this article.

    Keywords: Bacterial Resistance, Active Efflux, Antibiotics, Xenobiotics
  • Malihe Jahani *, RamazanAli Khavari-Nejad, Homa Mahmoodzadeh, Sara Saadatmand, Sedighe Jahani Pages 69-85

    Cobalt oxide nanoparticles (Co3O4 NPs) are one of the most widely used magnetic NPs in various industries and their interactions with the environment are predictable. The aim of this study was to investigate the impact of Co3O4 NPs on leaf structure and ultrastructure of canola. Seeds were sown in pots under greenhouse conditions and after two weeks, seedlings were treated with Co3O4 NPs (0 and 4000 μg/mL) by leaf spray for five weeks. Then, leaf morphological changes were measured. Also, sampling from control leaf and NPs treatment were performed to investigate structural and ultrastructural changes. Tissue preparation was performed and samples were examined by light and transmission electron microscopy (TEM). Morphological changes including reduction in the length, width and area of leaf of canola treated with Co3O4 NPs were observed. Also, ultrastructural changes of canola leaf mesophilic cells treated with Co3O4 NPs including reduction of chloroplasts number and their swelling, accumulation and deposition of NPs in vacuoles and cell walls, observation of protein bodies, increase in the size of plastoglobules and starch grains in chloroplasts were observed. In addition, the results of cobalt elemental assay by methods of inductive coupled plasma emission spectrometry (ICP-OES) and energy dispersive X-ray spectroscopy (EDX), in line with TEM results, showed the uptake and accumulation of Co3O4 NPs in canola leaves. Ultrastructural damage in TEM results indicated the toxicity of high concentration of Co3O4 NPs at the cellular level. Therefore, potential of hazardous effects of Co3O4 NPs on other crops and environment should be considered.

    Keywords: Inductive coupled plasma emission spectrometry (ICP-OES), Energy dispersive X-ray spectroscopy (EDX), Canola, Transmission Electron microscopy (TEM), Cobalt oxide nanoparticles