با ورود اجلاسیه به دستور اصلی، آقای هاشمی رفسنجانی نایب رئیس مجلس درباره دلیل فراخوان اعضا و تشکیل اجلاسیه توضیحاتی ارائه کرد. او گفت چون در جلسه قبلی، رهبری بر اساس قانون اساسی قدیم انتخاب شده و در قانون اساسی جدید، شرایط، صفات و وظایف رهبر تغییر کرده، لازم است که برای انطباق شرایط جدید با منتخب رهبری بحث شود: «آنچه که مطرح است این است که باتوجه به صفات جدید و شرایط جدید و اختیارات جدیدی که در قانون اساسی تصویب شده جدید ما برای رهبری هست، ما این جا باید رای بدهیم که این شرایط بر رهبر موجود ما منطبق است که از این طریق ادامه رهبری ایشان را تایید می کنیم.».1

آقای طاهری خرم آبادی منشی هیئت رئیسه اصول مربوط به رهبری در قانون اساسی جدید را قرائت کرد و تغییرات نسبت به قانون اساسی قدیم را توضیح داد و اعضا وارد شور پیرامون دستور شدند.2

آقای سیدابوالفضل موسوی تبریزی بر این باور بود که اساسا نیازی به تشکیل این اجلاسیه نبوده و با اشاره به حذف شرط مرجعیت که از تغییرات قانون اساسی بود، گفتند در اجلاسیه های پیشین پیرامون شرط مرجعیت بحث شده بود و اکثر خبرگان قبول نداشتند که مرجعیت بالفعل لازم است: «آنهائی که رای دادند و حتی آنهائی که رای ندادند، اصل اجتهاد آقای خامنه ای را قبول دارند پس بنابراین انتخاب ایشان به رهبری جامعه و به رهبری نظام امت اسلامی طبق قانون بوده [است].».3

آقای جنتی از این نظر که دبیر شورای نگهبان نیز بود و اجلاسیه به درخواست شورا تشکیل شده بود، در پاسخ به نکات آقای موسوی تبریزی پیرامون ضرورت نداشتن برگزاری اجلاس، یادآور شد که در اجلاسیه قبلی برای انتخاب رهبری تا زمان بازنگری تعبیر موقت به کار رفت و این اجلاسیه تشکیل شده است برای اینکه شبهه ای پیرامون مسئله رهبری باقی نماند: «از نظر خود ما هم این اشکال وارد نیست و محل ندارد ولی یک مسئله به این مهمی رهبری و موضوعی که محور همه مسائل دیگر است باید جوری باشد که هیچ گونه شبهه ای برای افرادی که احیانا می خواهند یک وقتی ایرادگیری بکنند، باقی نماند. گفتیم یک جلسه ای از خبرگان تشکیل بشود و یک رای گیری مجددی بشود. مسئله هم به نظر من این قدر واضح است که دیگر احتیاج به حتی رای گیری هم ندارد؛ یعنی آن وقتی که مراجع نظر نداده بودند و تایید نکرده بودند و این همه استقبال عمومی نشده بود و این جور مسائل جا نیفتاده [بود] با آن رای بالا خبرگان رای دادند. دیگر حالا معلوم است واضح است دیگر اما عرض کردم صرفا برای این بود که بعضی افراد مغرض ممکن است احیانا شبهه بکنند. ما جلوی آن شبهات را گرفته باشیم.».4

اعضا سپس وارد بحثی کوتاه پیرامون متنی شدند که به عنوان طرح پیشنهادی برای دستور اجلاس تنظیم شده بود و پس از حک و اصلاح عبارات، متن نهائی بدین شکل تنظیم شد: «مجلس خبرگان در اجلاسیه فوق العاده 15/5/68 باتوجه ‎به اصول جدید قانون اساسی، شرایط و صفات لازم در رهبری را منطبق بر حضرت آیت الله آقای حاج سیدعلی حسینی خامنه ای دانست و بر این اساس رهبری معظم له را که در اجلاس مورخ 14/3/68 به تصویب خبرگان رسیده بود مورد تایید و تاکید قرار داد.».5 در این میان، برخی از اعضا همچنان تاکید داشتند که نیازی به رای گیری جدید نیست. اما آقای خلخالی استدلال کرد که هرچند رهبری موقت نبوده، اما ظرف یعنی قانون اساسی موقت بوده و اکنون تغییر کرده است: «درست است که اصل جریان را باید قطعی مطرح کنیم، اما ظرفش موقت بوده.». آقای هاشمی نیز این سخن را تایید کرد. این بحث نهایتا باعث شد مسئله نیاز بودن یا نبودن به رای گیری جدید به رای گذاشته شود که اعضا با اکثریت قاطع به رای گیری جدید رای دادند.6

سپس نوبت رای گیری درباره انطباق شرایط جدید رهبری در قانون اساسی بر آیت الله خامنه ای رسید. از 64 نفر حاضر در جلسه خبرگان، 60 نفر با قیام خود مجددا به رهبری آیت الله خامنه ای رای دادند.7 دلیل عدم قیام همه یا بعضی از این افراد، مخالفت با رای گیری مجدد بود، زیرا با توجه به انتخاب سابق، نیازی به این کار نمی دیدند.8

عصر آن روز که اعضای مجلس خبرگان به دیدار آیت الله خامنه ای رفتند، ایشان فرمودند: «لازم نیست تاکید بکنم که این بار مسئولیت، بسیار سنگین و خطیر می باشد و امتحان الهی هم است. البته، مسئولیت های بزرگ به نسبت عظمت و خطورتشان، مورد توجه و عنایت بیشتر پروردگار هم قرار می گیرند و باید عرض کنم که: «هذا من فضل ربی لیبلونی ااشکر ام اکفر»9. اگر خدای متعال توفیق بدهد و دعای حضرت ولی عصر(ارواحنافداه) شامل حال بشود و بتوانم این وظایف بسیار خطیر و سنگینی که به من متوجه است، ان شاءالله آنها را انجام بدهم، لطف و فضل الهی و افتخاری بزرگ برای من خواهد بود. و به خدا پناه می بریم از اینکه این توفیق را لطف نکند و در این صورت، البته مشکلات زیادی خواهد بود... من، همین طور که از اول تا حالا به این قضیه نگاه می کنم و وضعیت تمهید مقدمات و ترتیب نتایج بر مقدمات را می بینم، احساس می کنم مثل اینکه اراده الهی و خواست خدا است. لذا من هم در مقابل آن چیزی که به نظر می رسد خدای متعال اراده فرموده، کار به این شکل انجام بگیرد، تسلیم می شوم و آن را به عنوان قضا و تقدیر الهی تلقی می کنم و مسئولیت را با همه سنگینی و خطوراتش، بر دوش می گیرم... خدا را شکر می کنیم که در دل ما ذره ای دلبستگی و عشق و علاقه به امور دنیوی مسائل مربوط به انقلاب نیست. یعنی این مسئولیت ها، از جنبه ظاهری اش برای ما هیچ گونه کشش و انگیزه ای ندارد. این، لطف خدا است و با جرئت آن را بیان می کنیم و همین طور هم ان شاءالله عمل می نماییم. آنچه که هست، مسئولیت - یعنی اهداف دینی - است... من، امروز در این مسئولیت کنونی، همان احساس و روحیه ای را دارم که در روزهای اختناق، با دشواری های فراوان، برای رسیدن به هدف هایی که بحمدالله هیچ تغییر نکرده - بلکه روشن تر هم شده است - حرکت می کردم... ما برای نتایج کار نمی کنیم؛ اگرچه به آن نتایج علاقه داریم و می خواهیم جمهوری اسلامی، قدرتمند و ثروتمند باشد و آسیب دشمنان جهانی به ما نرسد و از لحاظ مادی و معنوی، ملت ما برجسته و برخوردار باشد. اما حقیقت این است که این گونه نیست که اگر ما با تلاش خود و طبق وظیفه و حجت، به این مقاصد نرسیم، احساس شکست بکنیم. این نکته را امام(قدس سره) در طول ده سال گذشته، قولا و عملا به همه ما تفهیم کردند. آن چیزی را که احساس می کنیم تکلیف شرعی ما است، ان شاءالله انجام می دهیم. در تشخیص تکلیف هم سعی می کنیم نهایت دقت و احتیاط را انجام بدهیم. چیزی که من برای خود فرض می دانم، این است.».10