تخمین نرخ هم خونی با استفاده از رشته های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت در برخی از نژادهای اسب آسیایی

پیام:
چکیده:
هدف از این تحقیق محاسبه هم خونی با استفاده از رشته های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت (Ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه به ترتیب از نژادهای آخال تکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با به کارگیری آرایه های Illumina SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شده اند. این تحقیق با همکاری کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد. ضریب هم خونی با استفاده از روش FROH بر پایه رشته های هموزیگوت ژنومی (ROH) و اندازه موثر با به کارگیری اطلاعات عدم تعادل پیوستگی در طی 5 تا 1000 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مولفه های اصلی (PCA) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مولفه اول از همدیگر مجزا می شوند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده در نژادهای مختلف به ترتیب در دامنه 294/0-278/0 و 308/0-278/0 بود. محاسبه ضریب همخونی بر پایه اطلاعات ژنومی نشان داد که مقادیر محاسبه شده بین 003/0 (نژاد مغولی) و 166/0 (نژاد تروبرد آمریکایی) در نوسان می باشد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه موثر در نژادهای مختلف، نشان دهنده روند کاهش تدریجی Ne در طی 1000 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 100 نسل قبل برای تمام نژادها بود. بیشترین Ne در نسل های حاضر (5 نسل قبل) در نژاد عرب (53 راس) و کمترین در نژادهای کاسپین و تروبرد (33-34 راس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نژادهای آسیایی، نژاد اسب کاسپین با وجود تنوع ژنتیکی مناسب و ضریب همخونی پایین، اندازه موثر آن نسبت به سایر نژادهای مورد مطالعه در این تحقیق کمتر می باشد که طراحی برنامه های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی کشور ضروری است.
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل
زبان:
فارسی
صفحات:
381 -392
لینک کوتاه:
magiran.com/p1934491 
روش‌های دسترسی به متن این مطلب
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 300,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!