شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ های مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط ‏فیلوژنتیکی و میزان همخونی

هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپ های مختلف مرغ گینه ای (مرغ شاخدار) در ایران می باشد. داده های ژنومی 18 قطعه مرغ گینه ای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپ های تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالی‏یابی کل ژنوم نمونه های مرغ گینه ای به صورتPaired-End  با طول خوانش 125 جفت باز  انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روش های اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپ ها با طول های مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تک نوکلیوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپ ها در گروه های جداگانه ای قرار می گیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش می تواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپ های مرغان شاخدار برای توسعه برنامه های بهنژادی ارایه نماید.