تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی غنی سازی مجموعه های ژنی در حد فاصل مراحل تسهیم و بلاستوسیست ‏توسعه جنینی گاو با استفاده از داده های ریز آرایه ‏DNA

به منظور درک علل مرگ‌ومیر و همچنین قابلیت زنده مانی جنین گاو، شناخت مسیرهای متابولیکی و الگوهای بیان مجموعه ژنی مرتبط با مراحل حد فاصل تسهیم و بلاستوسیت ضروری به نظر می رسد. با این انگیزه در این پژوهش مجموعه های ژنی غنی‌سازی شده از یک سلول تخم تا مرحله 16 سلولی و بلاستوسیست در توسعه جنینی گاو مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، داده‌های خام ریزآرایه DNA از پایگاه داده GEO با دسترسی آزاد، پیاده سازی شدند. سپس، کاوشگرهای متفاوت بیان، با استفاده از نرم‌افزار برخط agriGO v2.0 و به روش تحلیل غنی‌سازی تکین (SEA)، غنی‌سازی شدند. نتایج این تحقیق به‌طور خلاصه، نشان داد که در مجموع، تعداد 5 ژن؛ KPNA7، RGS2، TESC، MLLT11، BMP15 با افزایش بیان و همچنین، تعداد 5 ژن؛ KRT8، CLDN6، PLAC8، FN1، KRT18 با الگوی کاهش بیان، بیشترین میزان تفاوت بیان را نشان دادند (05/0P£). همچنین، در تجزیه و تحلیل SEA، 39 مجموعه ژنی در مسیر فرآیندهای زیستی از جمله متابولیسم NADP، tRNA، ATP، و کاتابولیسم فسفولیپیدها، آپوپتوز و رشد سلول، گلیکولیز، میتوز، تعداد 13 مجموعه ژنی در مسیر عملکردهای مولکولی مختلف شامل یون منگنز، rRNA، فعالیت های اکسیداسیون سیتوکرومC، فاکتور آغازین ترجمه، ATP و فعالیت ATPase و در سطح مولفه های سلولی 12 مجموعه ژنی از جمله غشای وزیکول های سیتوپلاسم، غشای شبکه اندوپلاسمیک، میکروتوبول و اسپیندل ها و غشای پلاسمایی بیشترین غنی‌سازی (05/0P£) را نشان دادند. به‌عنوان نتیجه‌گیری کلی، مجموعه های ژنی غنی‌سازی شده در بلاستوسیست نشان‌دهنده، آغاز فرآیند تمایز بین سلول‌ها و انتقال از حالت بلاستوسیست به سمت فرایند لانه گزینی است. در نهایت، چنین به نظر می‌رسد که تفاوت الگوی بیان مجموعه های ژنی و برهمکنش آن ها در این مرحله احتمالا به زنده‌ماندن یا تحلیل جنین ختم می شود.