mohammad javan nikkhah
-
Rice is the most important food for a significant portion of the world's population, especially in Asia. The infection of rice plants with Fusarium species is a major global problem. For the morphological and phylogenetic identification of Fusarium species associated with rice, a widespread sampling was conducted from the root, crown, leaf sheath, and stem of the rice plants in various rice-cultivating areas across Fars, Golestan, Guilan, Isfahan, Khuzestan and Mazandaran provinces. Species-specific primers were used to identify three closely related species: F. fujikuroi, F. proliferatum, and F. verticillioides, which could not be distinguished based on morphological criteria alone. By combining morphological characteristics and sequence data of TEF1-α and β-tubulin genomic regions, nine species including F. fujikuroi, F. verticillioides, F. proliferatum, F. globosum, F. andiyazi, F. anthophilum, F. incarnatum, F. culmorum and F. oxysporum were identified among 242 isolates examined. This study reports the first occurrence of Fusarium andiyazi on rice in Iran. In addition to the known causal agents of bakanae disease, the pathogenicity test revealed that two additional species F. culmorum and F. anthophilum can also be considered agents of bakanae disease on rice.
Keywords: Bakanae Disease, Non-Pathogen, Oryza Sativa, Pathogen, Phylogeny -
سرزمین پهناور ایران بدلیل تنوع آب و هوائی و موقعیت خاص جغرافیایی آن، به عنوان رویشگاه مناسب برای گونه های مختلف آویشن (Thymus) شناخته می شود. آویشن گیاهی است که ارزش غذایی و دارویی فراوانی دارد و در میان گیاهان مرتعی جایگاه ویژه ای را به خود اختصاص داده است. لذا بررسی عوامل تهدید کننده حیات این گیاه از جایگاه مهمی برخوردار می باشد. دو گونه آویشن شامل آویشن کوهی (T. kotschyanus; Boiss. & Hohen) و آویشن کرک آلود (T. pubescens; Boiss. & Kotschy ex Čelak) رویشگاه قابل توجهی در مراتع استان البرز دارند. در این پژوهش آفات و بیماری های این دو گونه در 14 ایستگاه مختلف در استان البرز بررسی گردید. جمع آوری نمونه ها در سه مقطع زمانی (اردیبهشت، تیر و شهریور) صورت گرفت و حشرات جمع آوری شده جهت شناسایی به آزمایشگاه منتقل شدند. نتایج بیانگر حضور شش نوع آفت روی گونه های آویشن بود. شته سبز آویشن (Aphis serpylli) و گونه تریپس ((Haplothrips reuteri از روی هر دو گونه ی آویشن جمع آوری شد. کنه تارعنکبوتی (Tetranychus urticae)، گونه تریپس (Aeolothrips mongolicus)، یک کنه از جنس Bryobia، و گیاه انگلی سس (Cuscuta sp.) صرفا بر روی آویشن کوهی مشاهده شد. همچنین بیماری لکه برگی آلترناریای نیز روی برگ آویشن کوهی تشخیص و شناسایی گردید. کنه (Baryobia sp.) برای نخستین بار از روی گیاه آویشن گزارش می-شود. نتایج این تحقیق می تواند مورد استفاده مدیران منطقه ای و ذی نفعان قرار گرفته و در حفاظت از گونه های جنسThymus در مراتع استان البرز کمک شایانی بنماید.کلید واژگان: سلامت اکولوژیک، تریپس، شته، کنه، لکه برگیThe vast land of Iran, with its diverse climate and geographical location, is known as a suitable habitat for different types of thyme. Thyme (Thymus spp.), a plant of great nutritional and medicinal value, holds a special place among pasture plants. Consequently, investigating the factors that threaten the survival of this plant is important. Two species of thyme, T. kotschyanus (Boiss. & Hohen) and T. pubescens (Boiss. & Kotschy ex Čelak) have significant habitats in the pastures of Alborz province. In this research, pests and diseases of these two species were investigated in 14 different stations in Alborz province. The samples were collected at three time points (May, July and September) and the collected insects were taken to the laboratory for identification. The results indicated the presence of six types of pests on thyme species: Aphis serpylli, Haplothrips reuteri, Tetranychus urticae, Aeolothrips mongolicus, a mite of the genus Bryobia, and also Cuscuta spp. as a parasitic plant. Alternaria leaf spot was also detected on thyme leaves. The results of this research are reported for the first time It can be used by regional managers and stakeholders and help in the protection of Thymus species in the rangelands of Alborz province.Keywords: Ecological Health, Thrips, Aphid, Mite, Black Fungus, Thyme
-
طی دو دهه گذشته، امکان کنترل زیستی بیماری سپتوریوز برگی گندم ناشی از Zymoseptoria tritici، به عنوان یک جایگزین قابل اطمینان و ایمن برای روش کنترل شیمیایی در حال ارزیابی است. جنس Trichoderma دربرگیرنده تعداد زیادی عوامل کنترل زیستی است که به طور گسترده علیه بیماری های گیاهی در سراسر جهان استفاده می شوند. گونه های Trichoderma در کنار کنترل مستقیم بیمارگرهای گیاهی، ویژگی های مفید دیگری نیز برای میزبان های گیاهی خود فراهم می آورند. این پژوهش، با هدف ارزیابی اثر چند جدایه آنتاگونیست دارای پتانسیل اندوفیتی قارچ Trichoderma در کنترل بیماری سپتوریوز برگی گندم رقم تیرگان در شرایط گلخانه ای انجام شده است. جدایه های آنتاگونیست Trichoderma به دو روش تیمار بذری در زمان کاشت، و پاشش روی گیاه 72 ساعت پیش از مایه زنی با جدایه بیمارگر، استفاده شدند. شدت بیماری سپتوریوز برگی، 21 روز پس از مایه زنی با Z. tritici IPO323 محاسبه گردید. پیش تیمار رقم حساس گندم با جدایه های کنترل زیستی Trichoderma به طور معنی داری (α = 0/01) شدت بیماری را کاهش داد؛ که در این بین، جدایه T. harzianum AS12-2 با کاهش به ترتیب 12/80 و 71/77 درصدی سطح نکروز برگ و پوشش پیکنیدیومی، میانگین بیشترین درصد بازدارندگی از سپتوریوز برگی را در هر دو روش کاربرد به خود اختصاص داده است. براساس نتایج این پژوهش جدایه های Trichoderma به عنوان جایگزین/مکمل های ایمن قارچ کش های شیمیایی، ظرفیت بالایی برای گنجانده شدن در برنامه های مدیریت تلفیقی بیماری سپتوریوز برگی گندم دارند.کلید واژگان: مدیریت بیماری، آنتاگونیست، اندوفیت، کشاورزی پایدار، Zymoseptoria TriticiOver the past two decades, biological control of wheat septoria tritici blotch (STB) caused by Zymoseptoria tritici has been evaluated as a reliable and safe alternative or complement to chemical control. The genus Trichoderma includes several biocontrol agents (BCAs) widely used worldwide against plant diseases. Besides direct control of plant pathogens, Trichoderma spp as BCAs provide numerous other beneficial features for their plant hosts. The current study aimed to assess the potential biocontrol ability of several antagonistic Trichoderma isolates with endophytic potential on STB reduction in wheat cultivar Tirgan under greenhouse conditions. The antagonists were used as a seed-coated treatment at the sowing time and sprayed on the plants 72 h before Z. tritici IPO323 inoculation. STB severity was calculated 21 days after the pathogen inoculation. The biocontrol isolates significantly (α = 0.01) reduced the disease severity on cv. Tirgan. T. harzianum AS12-2 provided the highest average percentage of STB inhibition in both application methods. Application of T. harzianum AS12-2 led to a reduction in the percentage of leaf area covered by lesions (PLACL) and the percentage of leaf area covered by pycnidia (PLACP) by 80.12% and 77.71%, respectively. Trichoderma biocontrol isolates could be considered safe and reliable alternatives/complements for sustainable agriculture in integrated management programs of wheat STB.Keywords: Antagonist, Endophyte, Disease Management, Sustainable Agriculture, Zymoseptoria Tritici
-
برخی از گیاهان دارویی دارای اهمیتی جهانی و فراگیر بوده و به علت استفاده بی شمار در حال انقراض هستند. امروزه استفاده از کشت درون شیشه ای سبب شده است که سرعت تولید و تکثیر گونه های در حال انقراض افزایش یابد. اهداف این پژوهش، تعیین بهترین اکوتیپ، بهترین ریزنمونه کالوس زایی و همچنین بهترین سطح هورمونی موثر بر صفت های طول، عرض، ارتفاع و حجم کالوس ریزنمونه های به دست آمده از گیاهچه های حاصل از آنغوزه تلخ در کشت درون شیشه می باشد. این آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با حداقل 4 تکرار بررسی شده است. با توجه به هدف مورد نظر، ریزنمونه ها در محیط های کشت موراشیک و اسکوگ با سطوح مختلف BAP وNAA قرار گرفتند. پس از 40 روز کشت ریزنمونه ها در محیط های حاوی هورمون صفات طول، عرض و حجم کالوس ها اندازه گیری شد. مقایسه میانگین ها نشان داد، ریزنمونه های ریشه در تیمار 2 میلی-گرم در لیتر BAP و 1 میلی گرم در لیتر NAA بیشترین صفات مورد اندازه گیری را داشت و کالوس های مربوط به ریزنمونه های برگ و ساقه از بین رفتند. در بین اکوتیپ های مورد بررسی، اکوتیپ کرمان نسبت به اکوتیپ یزد دارای سرعت رشد کالوس بیشتری بودند و با گذشت زمان میزان سرعت رشد کالوس ها به شدت افزایش یافت. با توجه به اینکه سرعت رشد کالوس اکوتیپ اصفهان کم بود، از پژوهش حاضر حذف گردید.
کلید واژگان: آنغوزه، کالوس، حجم، اکوتیپ، جوانه زنیSome important herbs have been overly utilized in all over the world, which threatening them as endangered species. In this regard, in vitro culture has efficiently improved production and propagation rates of these plants. Accordingly, this research aimed to determine the best genotype, and explant for callus induction, as well as the effect of optimum concentration of hormones on traits including length, width, height and the callus volume of the explants derived from Ferula assa-foetida seedlings that have been grown in jars. Therefore, this experiment has been implemented as factorial in completely randomized design with at least 3 replications. Purposefully, the explants were placed in MS media supplemented with different levels of BAP and NAA. After 40 days, the traits including the length, width and volume of the callus were measured for induced callus. Given the mean comparison, the maximum size of target traits have been achieved for root explants cultured medium supplemented with 2 mg.L-1 BAP and 1 mg.L-1 NAA, while none of calluses derived from leaf and stem explants survived. Among the genotypes, the Kerman demonstrated higher callus growth rate than the Yazd, though this trait intensively increased through the time of culture. In addition, the calluses derived from Isfahan showed low growth rate, so it was removed from the present study.
Keywords: Ferula, callus, Volume, Ecotype, germination -
Rice is one of the most important crops in Iran and the rice blast caused by Pyricularia oryzae causes significant losses in rice fields during outbreak season. At the beginning of the disease cycle, the primary inoculum imposes severe damage to plants as it leads to plant weakness. The damage will shortly become significant as the second wave of inoculum spreads. This study aimed to determine the occurrence and severity of blast disease on some native Iranian cultivars and estimate the number of conidia produced on second leaves. Pyricularia oryzae Cavara isolates were collected from rice leaves from the north of Iran. One out of 123 isolates was inoculated on seven Iranian native cultivars named Hashemi, Tarom Mahali, Sang Tarom, Binam, Champa, Alikazemi, and Domsiyah at the four-leaf stage. Lesions on leaves were scored and the percentage of the spotted area was calculated by software Image J1.52a. Various lesion types and a range of diseased areas varying from 30% recorded in Hashemi to 55% in Tarom Mahali were observed. Under optimum conditions, the sporulation potential was calculated. Isolate produced different amounts of spores on different cultivars; Hashemi showed the highest and Tarom Mahali showed the lowest sporulation with 63 and 11 spores per mm2 of spotted area. The result indicated that the resistance threshold of the native cultivars could be different but not sufficient. Additionally, to estimate the damage on each cultivar on farms, we need to investigate the sporulation potential of the pathogen through time in each cultivar
Keywords: Iranian cultivars, Pathogenicity test, rice blast, spotted area -
در این پژوهش، تاثیر قارچ های درون زی (mycoendobiont) جداشده از قارچ دکمه ای سفید علیه قارچ های Mycogone perniciosa، Lecanicillium fungicula و Trichoderma harzianum، به عنوان عوامل بیماری زای مهم آن، برای کاربرد جهت مهار زیستی و جایگزینی ترکیبات شیمیایی بررسی گردید. جدایه های درون زی از کلاهک، تیغه و ساقه اندام های کاملا سالم قارچ دکمه ای که از سالن های پرورش عمده کشت قارچ در کشور، جمع آوری شده بودند، جداسازی شدند. این جدایه ها ابتدا در آزمون کشت متقابل علیه جدایه های بیمارگر قارچ دکمه ای غربال و سپس از بین آنها جدایه های موثر برای آزمایش های گلخانه ای انتخاب شدند. اسپان قارچ دکمه ای با جدایه های منتخب تیمار شد و درصد وقوع بیماری ناشی از عوامل بیمارگر و نیز شاخص های رشدی، تعیین شدند. تمام جدایه های درون زی مورد آزمایش، توانایی محدود کردن و رقابت با بیمارگرها را داشتند و وقوع بیماری حباب تر (M. perniciosa) را به میزان 42/21 تا 61/97 درصد، بیماری حباب خشک (L. fungicula) را به میزان 63/60 تا 80/96 درصد و بیماری کپک سبز (T. harzianum) را به میزان 28/64 تا 93/96 درصد کنترل کردند. این آزمون در قالب طرح کاملا تصادفی و با سه تکرار انجام شد. گونه های درون زی Fusarium venenatum و Clonostachys rosea بیشترین اثر بازدارندگی از رشد را در برابر هر سه بیمار گر نشان دادند. همچنین، جدایه Scedosporium apiospermum دارای اثر بازدارندگی از رشد در برابر دو قارچ بیمارگر M. perniciosa و T. harzianum بود. این پژوهش نشان داد که قارچ های درون زی قارچ دکمه ای می توانند به عنوان عوامل مهار زیستی و بهبود دهنده رشد قارچ دکمه ای با هدف کاربردی نمودن آنها مورد توجه قرار گیرند.
کلید واژگان: مهار زیستی، بیمارگر، همزیست، اسپانIn this study, the effect of mycoendobiont fungi isolated from white button mushroom against Mycogone perniciosa, Lecanicillium fungicula and Trichoderma harzianum, as its important pathogens, was investigated for use in biological control and replacement of chemical compound. Isolates of mycoendobiont fungi were isolated from the cap, gills and stalk of healthy white button mushroom, collected from major mushroom growing farms in Iran. These isolates screened against aggressive strains mentioned above in dual culture tests and the most effective isolates were selected for greenhouse experiments. White button mushroom spawn was treated with the mycoendobiont fungi and disease incidence and growth parameters were measured. All mycoendobiont isolates tested were able to inhibit and compete with pathogens and controlled the incidence of wet bubble disease (M. perniciosa) from 21.42% to 97.61%, dry bubble disease (L. fungicula) from 60.63% to 96.80% and green mold disease (T. harzianum) from 64.28 to 96.93%. This test was performed in a completely randomized design with Three replications. Mycoendobiont isolates of Fusarium venenatum and Clonostachys rosea had the greatest inhibitory effect on the growth of all pathogens. In addition, Scedosporium apiospermum had a high growth inhibitory effect against M. perniciosa and T. harzianum. According to the results, mycoendobiont fungi of white button mushroom could be considered as the biocontrol agents and growth promoting with the aim of applying them in future.
Keywords: Biocontrol, pathogen, Symbiosis, spawn -
پژمردگی نخود معمولی توسط قارچ Fusarium oxysporum f. sp. ciceris یکی از فاکتورهای مهم در کاهش عملکرد محصول نخود در مزارع غرب و شمال غرب کشور می باشد. در سال های زراعی 96-1395 با استفاده از نشانگر SSR، تعیین ساختار ژنتیکی جمعیت های قارچ Fusarium oxysporum f. sp. ciceris در مزارع غرب و شمال غرب ایران انجام گرفت. با کاربرد شش آغازگر SSR، 35 آلل در جایگاه ژنی و با متوسط 83/5 آلل در هر جایگاه ژنی تکثیر شد. میزان چند شکلی آغازگرها (PIC) از 2/0 (FOAG11) تا 39/0 (FODF7) با متوسط 27/0 در هر جایگاه ژنی بدست آمد. متوسط آلل های موثر(Ne)، تعداد آلل های اختصاصی (Na)، تنوع آللی در هر جایگاه ژنی (H)، شاخص شانون (I) و درصد چند شکلی جایگاه ژنی (%PL) در سه جمعیت به ترتیب، 33/1، 97/1، 2208/0، 357/0 و 29/74 بود. میانگین فاصله ژنتیکی بین سه جمعیت محاسبه شد. فاصله ژنتیکی نیی بین جمعیت ها از 0202/0 تا 98/0 متغیر بود. تنوع ژنی کل (Ht) و تنوع ژنی بین زیرجمعیت ها (Hs) به ترتیب، 2208/0 و 2097/0 تخمین زده شد. تنوع ژنی ناشی از تمایز بین جمعیت ها (Gst) 0585/0، در حالی که جریان ژنی (Nm)، 0412/8 بود. آنالیز تنوع ژنتیکی (آموا) در جمعیت های قارچ Fusarium oxysporum f. sp. ciceris نشان داد که 5 % از واریانس مربوط به تنوع بین جمعیت ها و 95 % تنوع در درون جمعیت های قارچ رخ داده است. PhiPT، 054/0 محاسبه گردید. کمترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های کردستان و آذربایجان غربی با جمعیت لرستان، در حالی که بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت لرستان با جمعیت کرمانشاه مشاهده شد.
Chickpea wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. ciceris is one of the major yield-limiting factors in chickpea, particularly in west and northwest of Iran. Simple Sequence Repeats (SSR) were used to determine genetic structure of Fusarium oxysporum f. sp. ciceris populations from three infected areas located in west and northwest provinces of Iran during 2016-2017. A set of six microsatellite primer pairs revealed 35 alleles in each locus with an average of 5.83 per locus. The PIC value varied from 0.20 (FOAG11) to 0.39 (FODF7) with an average of 0.27 per locus. The average number of effective alleles (Ne), Number of private alleles (Na), allelic variability per locus (H), Shannon's Information Index (I) and percentage of Polymorphic Loci (%PL) in three populations were 1.33, 1.97, 0.2208, 0.357, and 74.29, respectively. The average genetic distance was calculated among the three populations. Nei’s pair-wise genetic distances between the populations varied from 0.0202 to 0.98. The total gene diversity (Ht) and gene diversities between subpopulations (Hs) were estimated to be 0.2208 and 0.2079, respectively. Gene diversity attributable to differentiation among populations (Gst) was 0.0585, while gene flow (Nm) was 8.0412. The AMOVA of genetic variation in Fusarium oxysporum f. sp. ciceris populations revealed that 5% of the variance occurred among populations and 95% within populations. PhiPT value was 0.054. The lowest genetic distance was found between Kurdistan and West Azerbaijan with Lorestan populations, while the highest genetic distance was observed between Lorestan and Kermanshah populations.
Keywords: Cicer arietinum L., Gene flow, Genetic diversity, Microsatellite, Nei’s genetic distances -
خامج (Khamedj) یکی از مهم ترین بیماری های قارچی نخل به شمار می آید که در سال هایی که شرایط محیطی مساعد باشد، اپیدمی های خطرناک ایجاد می کند و تا 80 درصد خسارت اقتصادی به بار می آورد. تعداد 27 جدایه قارچ Mauginiella scaettae عامل این بیماری، از نقاط مختلف خرماخیز کشور، دو جدایه از کشور عراق و یک جدایه از کشور کویت از روی ارقام مختلف نخل طی سال های 1398-1397 جمع آوری شده و در این پژوهش به کار رفت. هفت نشانگرEST-SSR برای بررسی تنوع ژنتیکی این جدایه ها مورد استفاده قرار گرفت که از بین آنها تعداد پنج لوکوس (SNOD1،SNOD26 ،SNOD22 ، SNOD17 وSNOD21) دارای پلی مورفیسم بوده و در مجموع از آنها شانزده الل به دست آمد. دو نشانگر (SNOD5 و SNOD16) نیز فاقد توانایی تکثیر بودند. دندروگرام روابط خویشاوندی با استفاده از تجزیه خوشه ای مبتنی بر ضریب تشابه جاکارد ترسیم شد و جدایه ها در پنج کلاستر قرار گرفتند. دو کلاستر (V، IV) به تعدادی زیر کلاسترتقسیم شدند. بیشترین ضریب تشابه بین جدایه هایIlam-sa و Behb-kh2 (75/0) و بیشترین فاصله ژنتیکی با سایر جدایه ها مربوط به جدایه های Kheshbid-za و Abad-sa1 بود. سیزده جدایه از بین کلاسترهای ژنتیکی شناسایی شده برای بررسی گروه های بیماری زایی روی رقم استعمران انتخاب شدند. جدایه ها در سطح یک درصد از نظر درصد شدت بیماریزایی اختلاف معنی دار داشتند. بیشترین و کمترین شدت بیماریزایی به ترتیب مربوط به جدایه های Behb-ma1 و Mehr-sa بود.
کلید واژگان: گروه انگشت نگاری، چندشکلی DNA، رقم استعمران، تفاوت جدایه هاkhamedj is one of the most important fungal diseases that in a favorable condition can lead to severe outbreaks and causing an 80% loss of the annual harvest. 30 isolates of Mauginiella scaettae, the causative agent of this disease including 27 isolates from different locations of the Iran, two isolates from Iraq and one isolate from Kuwait were collected from different palm cultivars during 1397-1397 and used in the present study. Seven EST-SSRs markers were applied to show the genetic diversity among these 30 isolates. Five loci including, SNOD1, SNOD26, SNOD22, SNOD17, and SNOD21 were polymorphic among the species and revealed a total of 16 alleles. Also, two microsatellite markers, including SNOD5 and SNOD16, did not amplify and showed no amplification. The dendrogram constructed based on the similarity index resulted in five major clusters so that two clusters were divided into sub-clusters. The highest similarity value was observed between isolates Ilam-sa and Behb-kh2 (0.75) and followed by isolates abad-ma1 and ramh-sa1 (0.57). On the other hand, two isolates Kheshbid-za and Abad-sa1 have the highest genetic distances with other isolates. Thirteen isolates were selected from the identified genetic groups to study pathogenic groups on the sayer cultivar. The results indicated that there were significant differences among isolates used. The results revealed that Behb-ma1 isolate and Mehr-sa isolate showed the lowest and highest pathogenicity, respectively.
Keywords: Fingerprint group, DNA polymorphism, Sayer cultivar, Differences isolates -
پوسیدگی معمولی ریشه و طوقه با عامل Bipolaris sorokiniana، به عنوان یکی از مهمترین بیماری های گندم در بسیاری از مناطق جهان مطرح است. در طی سال های زراعی 1396 و 1397، تعداد 147 جدایه تک اسپور قارچ از مزارع گندم استان های البرز (کرج)، کرمانشاه (کرمانشاه)، آذربایجان غربی (میاندوآب)، گلستان (گرگان) و فارس(شیراز) به دست آمد. پس از شناسایی ریخت شناختی و مولکولی جدایه ها با آغازگرهای اختصاصی گونه، آغازگرهای تیپ آمیزشی بر اساس نواحی حفاظت شده از ایدیومورف هایMAT-1 و MAT-2 طراحی گردید و فراوانی ایدیومورف های تیپ های آمیزشی جدایه های B. sorokiniana، به روش Multiplex PCR تعیین گردید. از مجموع 147 جدایه در پنج جمعیت، 86 جدایه به تیپ آمیزشی MAT-1 و 61 جدایه به تیپ آمیزشی MAT-2 متعلق بودند. در بین پنج جمعیت مورد آزمایش، در جمعیت های شیراز وگرگان فراوانی جدایه های متعلق تیپ آمیزشی MAT-1 بیشتر از تیپ آمیزشیMAT-2 بود. با توجه به نتایج آزمون کای اسکویر (X2)، جمعیت های کرج، کرمانشاه و میاندوآب فاقد اختلاف معنی داری در سطح پنج درصد (P< 0.05) بودند. بنابراین، جمعیت های کرج، کرمانشاه و میاندوآب دارای پتانسیل تولیدمثل جنسی بیشتری نسبت به جمعیت های شیراز وگرگان می باشند. به علاوه، جدایه های همه جمعیت ها جهت ارزیابی وضعیت باروری جنسی از طریق تلاقی متقابل با تیپ های آمیزشی مخالف روی محیط غذایی مورد مطالعه قرار گرفتند. پس از گذشت دو ماه، سودوتسیوم های فاقد آسک و آسکوسپور بالغ تشکیل گردید.
کلید واژگان: ایدیومورف، تلاقی، پی سی آر، تولیدمثل جنسی، نمونه برداریRoot and crown common rotdisease caused by Bipolaris sorokiniana, has caused severe losses of wheat products worldwide. A collection of 147 monoconidial isolates was made from cultivated wheat in West Azerbaijan (Miyandoab), Golestan (Gorgan), Alborz (Karaj), Kermanshah (Kermanshah) and Fars (Shiraz) provinces in 2017-2018. After morphological and molecular identification, mating type primers were designed based on a conserved DNA binding (alpha domain) in MAT-1 and the high mobility group (HMG) domain in MAT-2. Frequency of mating type idiomorphs of B. sorokiniana isolates were done by multiplex PCR. Among 147 isolates of five population, 86 isolates amplified by MAT-1 primer and 61 isolates by MAT-2 primer. Frequencies of MAT-1 alleles in Shiraz and Gorgan populations was more than the MAT-2 alleles. According to the results of the Chi-square test (X2), Karaj, Kermanshah and Miyandoab populations had not significant difference (P<0.05). Therefore, these three populations have the highest potential for sexual reproduction than the otherthreepopulations. In addition, isolates from all of the populations were studied to evaluate the sexual fertility in vitro. After two months, pseudothecia without mature asci and ascospores formed in media.
Keywords: Idiomorph, cross, PCR, Sexual reproduction, sampling -
International Journal of Horticultural Science and Technology, Volume:9 Issue: 1, Winter 2022, PP 131 -142The purpose of this study was to estimate heritability, general and specific combining ability and the relationship between traits. Investigated traits were fruit number per plant, total yield per plant, average fruit weight, flesh thickness, flesh firmness, seed cavity size, total soluble solid, fruit length in melon. A complete diallel design was conducted for this purpose five parental genotypes were crossed and the hybrids were evaluated in a randomized complete block design with three replications. Analysis of variance of traits showed a significant differences between hybrids, therefore the first Griffing method was used to analyze the combining ability. The general combining ability effects were significant for all parents in the evaluated traits. The specific combining ability of yield per plant was higher than the general combining ability, which indicates the dominance and non-additive actions of genes. High narrow-sense heritability for yield per plant, flesh firmness and the number of fruit per plant (0.86, 0.72 and 0.70, respectively) indicated low environmental effect for these traits and the greater role of additive effects. The highest narrow-sense heritability was estimated for yield per plant (0.86). The role of non-additive effects of genes in controlling yield and flesh firmness traits was greater than additive effects. Therefore, the preparation of superior hybrids using breeding methods based on progeny tests will be effective in improving the mentioned traits in melon.Keywords: general, specific combining ability, Gene additive action, griffing, heritability
-
اعضای جنس Fusarium از بیمارگرهای مهم خاکزاد می باشند که سبب بروز خسارت جدی در تولید محصولات زراعی و باغی در دنیا می گردند. به منظور بررسی گونه های Fusarium آلوده کننده خاک های زراعی در مناطق بامیان و دایکندی با اقلیم نیمه صحرایی و مناطق قندهار و هلمند با اقلیم صحرایی افغانستان، نمونه برداری در سال های 1398-1397 صورت گرفت. برای جداسازی جدایه های Fusarium از نمونه های خاک، از محیط کشت اختصاصی PPA (Pepton PCNB Agar) استفاده شد. همچنین جهت شناسایی اولیه جدایه ها از ویژگی های ریخت شناختی براساس کشت جدایه ها روی محیط های کشت CLA، SNA و PDA استفاده شد. به منظور شناسایی مولکولی جدایه ها توالی یابی بر اساس ناحیه ی ژنی tef-1α صورت گرفت. در مجموع 134 جدایه Fusarium جداسازی گردید که در 11 گونه مختلف قرار گرفتند. به طوریکه حضور گونه های (FIESC) F. incarnatum-equiseti species complex (%28)، F. solani (%16)، F. acuminatum (%6)، F. verticillioides (%5)، F. oxysporum (%3)، F. coeruleum(%1) و F. compactum (%1) با فراوانی متفاوت در هر دو اقلیم مورد نمونه برداری ردیابی شد. گونهF. sambucinum (%1) در مناطقی که زمستان فوق العاده سرد و تابستان خشک داشتند و دارای اقلیم نیمه صحرایی بودند جداسازی گردید. درحالیکه گونه های F. proliferatum (%18)، F. culmorum (%13) و F. pseudograminearum (%1)، و در مناطقی که زمستان معتدل و تابستان فوق العاده گرم داشتند و دارای اقلیم صحرایی بودند جداسازی شدند. نتایج بدست آمده در این تحقیق در رابطه با پراکنش جغرافیایی گونه های مختلف Fusarium در افغانستان اطلاعات مفیدی در رابطه با مدیریت بهتر این بیمارگرهای خاکزاد در مزرعه در اختیار ما قرار می دهد.
کلید واژگان: Fusarium، اقلیم صحرایی، اقلیم نیمه صحرایی، شناسایی ریخت شناختی، tef-1αThe members of Fusarium is one of the important causal egent of soil borne diseases which cause serious damage in the agricultural and horticultural crops in the world. In order to investigate Fusarium destributions in agricultural soils in the Bamyan and Daikundi with semi desert climates, Kandahar and Helmand with desert climates, sampling was performed in Afghanistan in 2018-2019. The PPA medium (Pepton PCNB Agar) was used for Fusarium isolations. For morphological characterisation, pure cultures were transferred to CLA (Carnation Leaf-piece Agar), SNA (Synthetic Nutrient Agar ) and PDA (Potato Dextrose Agar) mediums and gene sequencing of tef-lα regions were performed for molecular identification. Totally 134 Fusarium isolates were obtained and grouped in 11 different species. The presence of F. incarnatum-equiseti species complex (FIESC) (28%), F. solani (16%), F. acuminatum (6%), F.verticillioides (5%), F. oxysporum (3%), F. coeruleum (1%) and F. compactum (1%) with different frequency were detected in both regions of the sampling areas. F. sambucinum (1%) was detected in semi-desert climates (Bamyan and Daikundi provinces), While F. proliferatum (18%), F. culmorum (13%) and F. Pseudograminearum (1%) were isolated and identified in areas with desert climates (Helmand and Kandahar provinces). The results this study, geographical distribution of various species of Fusarium in Afghanistan, provide useful information about management of soil borne Fusarium pathogens.
Keywords: Fusarium, Desert climate, Semi desert climate, morphological identification, tef-1α -
فناوری تصویربرداری فراطیفی به عنوان روشی نوین و موثر در تشخیص آلودگی محصولات کشاورزی به کار می رود. این روش برای تشخیص پسته سالم و آلوده به قارچ Aspergillus flavus با و بدون در نظر گرفتن مراحل آلودگی، مورد استفاده قرار گرفت. جدایه های R5 وKK11 به ترتیب با و بدون قابلیت تولید سم آفلاتوکسین، به طور جداگانه، برای آلوده سازی پسته استفاده شد. از بین طول موج های 960 تا 1700 نانومتر، سه طول موج موثر 1090، 1280، و 1700 نانومتر با استفاده از روش تحلیل مولفه های اصلی انتخاب شد. پس از استخراج ویژگی ، از روش های اعتبارسنجی K-بخشی، ماشین بردار پشتیبان، و شبکه عصبی مصنوعی برای طبقه بندی استفاده شد. نتایج نشان داد که دقت روش اعتبارسنجی K-بخشی در طبقه بندی نمونه های پسته سالم و آلوده بدون در نظر گرفتن مراحل آلودگی و نوع جدایه (71/99 درصد) بالاتر بود. حداکثر دقت طبقه بندی الگوریتم های توسعه یافته در تشخیص نوع جدایه و مراحل آلودگی 69 تا 91 درصد به دست آمد.
کلید واژگان: پسته، آلودگی قارچی، مرحله آلودگی، فناوری تصویربرداری فراطیفی، پردازش تصویرHyperspectral imaging technique as a new and efficient method is applied for detecting infection in agricultural products. It was used for classification of healthy and infected pistachio kernels by Aspergillus flavus fungus with and without considering infection stages. Two different fungus isolates, R5 and KK11 with and without capable of producing aflatoxin, respectively, were individually used to infect the pistachio kernel samples. From 960 to 1700 nm, three effective wavelengths of 1090, 1280, and 1700 nm were selected by principle component analysis method. After feature extraction, K-fold cross validation, support vector machine, and artificial neural network methods were used for classification. The results showed that the classification accuracy of the K-fold cross validation method was higher for classifying the healthy and infected pistachios without considering the infection stages and isolate type (99.71%). The maximum accuracy of the developed algorithms in classification of isolate type and infection stage was obtained as 69-91%.
Keywords: Pistachio, Fungal Infection, Infection stage, Hyperspectral imaging technique, image processing -
لکه نواری جو با عامل Pyrenophora graminea یکی از مهم ترین و مخرب ترین بیماری های جو محسوب می شود. در طی سال زراعی 1395، 121 جدایه P. graminea از مزارع جو استان های آذربایجان غربی (میاندوآب)، آذربایجان شرقی (میانه)، اردبیل (برجلو) و زنجان (خرمدره) جداسازی شد. پس از شناسایی ریخت شناختی و مولکولی جدایه ها با آغازگرهای اختصاصی گونه، آغازگرهای تیپ آمیزشی بر اساس نواحی منطقه حفاظت شده α از ایدیومورف MAT-1 و منطقه HMG از ایدیومورف MAT-2 طراحی گردید و فراوانی ایدیومورف های تیپ های آمیزشی جدایه های P. graminea به روش Multiplex PCR مورد مطالعه قرار گرفت. از مجموع 121 جدایه، 56 جدایه دارای تیپ آمیزشی MAT-1 و 65 جدایه دارای تیپ آمیزشی MAT-2 در کل جمعیت ها بودند. در بین شش جمعیت مورد آزمایش، در جمعیت های خرمدره مزرعه (1) و میاندوآب به ترتیب جدایه هایی با تیپ آمیزشی MAT-1 و MAT-2 از فراوانی بیشتری برخوردار بودند. با توجه به نتایج آزمون کای اسکویر (X2)، جمعیت های میانه، اردبیل (مزرعه 1 و 2) و خرمدره مزرعه (2) نسبت به جمعیت های میاندوآب و خرمدره مزرعه (1)، فاقد اختلاف معنی داری بودند. بنابراین، به نظر می رسد چهار جمعیت مربوطه دارای پتانسیل تولیدمثل جنسی بالاتری نسبت به جمعیت های میاندوآب و خرمدره مزرعه (1) باشند. به علاوه، جدایه ها از همه جمعیت ها جهت ارزیابی وضعیت باروری جنسی آنها از طریق تلاقی متقابل با تیپ های آمیزشی مخالف مورد بررسی قرار گرفتند. پس از گذشت شش ماه سودوتسیوم ها تشکیل گردید اما فاقد آسک و آسکوسپور بالغ بودند.
کلید واژگان: Hordeum vulgare، ایدیومورف، طراحی آغازگر، تولیدمثل جنسی، آسکوکارپBarley leaf stripe caused by the fungus Pyrenophora graminea, is one of the most important and devastating barley diseases in Iran. A total of 121 P. graminea isolates was recovered from cultivated barley in West Azerbaijan (Miyandoab region), East Azerbaijan (Miyaneh region), Ardebil (Ardebil region) and Zanjan (Khorramdareh region) provinces in 2016. After morphological and molecular identification, mating type primers were designed based on a conserved DNA binding (alpha domain) in MAT-1 and the high mobility group (HMG) domain in MAT-2. Frequency of mating type idiomorphs of P. graminea isolates were done by Multiplex PCR. Among 121 isolates, 56 isolates amplified by MAT-1 primer and 65 isolates by MAT-2 primer. Frequencies of two mating types in Khorramdareh (1) and Miyandoab populations had an excess of the MAT-1 and MAT-2 alleles, respectively. According to the results of the Chi-square test (X2), Miyaneh, Ardebil (1 and 2) and Khoramdareh (2) populations had not significant difference in compared with Khorramdareh (1) and Miyandoab populations. Therefore, these four populations have the highest potential for sexual reproduction than the two populations of Miyandoab and Khorramdareh (1). In addition, isolates from all of the populations were studied to evaluate the sexual fertility through directed crossing with opposite mating types. After six months, pseudothecia formed in media without mature asci and ascospores.
Keywords: Hordeum vulgare, idiomorphs, Primer designing, Sexual reproduction, Ascocarp -
استان های غربی و شمال غربی ایران دارای بیشترین پتانسیل برای کشت نخود در ایران هستند. پژمردگی آوندی که توسط قارچ Fusarium oxysporum f. sp. ciceris (FOC) ایجاد می شود یکی از بیماری های مهم نخود است که درکشت های نخود این استان ها انتشار دارد. این پژوهش باهدف شناسایی نژادهای بیماری زای قارچ FOC در استان های غربی و شمال غربی کشور انجام شد. نمونه برداری از سه کانون آلودگی در استان های فوق انجام و پس از جداسازی، شناسایی جدایه های قارچ با به کارگیری آغازگرهای اختصاصی FOC به روش PCR انجام شد. از بین 116 جدایه شناسایی شده، 94 جدایه متعلق به سه کانون، برای شناسایی نژاد انتخاب شدند. پنج نژاد R0، R1B/C، R1A، R6 و R5 به ترتیب بالاترین فراوانی در مناطق مورد مطالعه را داشتند. حضور پنج نژاد در استان های غربی و شمال غربی ایران از بین هشت نژاد شناسایی شده این قارچ در دنیا، نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالای قارچ در کشور است. پراکنش نژادهای این قارچ مستقل از شرایط محیطی است.کلید واژگان: آغازگر، پراکنش، پی سی آر، تنوع ژنتیکیWestern and north western provinces of Iran have the highest potential for chickpea cultivation in Iran. Vascular wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. ciceris (FOC) is one of the most important diseases of this crop which distributed in chickpea cultivation areas of these provinces. The purpose of this study was to identify the pathogenic races of FOC in the western and north western provinces. Sampling was conducted on three infected locations. After isolation of the fungal isolates, identification was performed using FOC specific primers by PCR method. Out of 116 isolates identified, 94 isolates belonging to three locations were selected to recognize the fungal races. Five races including R0, R1B/C, R1A, R6 and R5 showed the highest abundance in the studied areas, respectively. Presence of five races from the eight identified races of FOC in the world in western and north western provinces of Iran indicates the high genetic diversity of this fungus in the country and distribution of the races of this fungus is independent of environmental factors.Keywords: distribution, Genetic diversity, Polymerase Chain Reaction (PCR), primer
-
به منظور مطالعه گونههای جنس های Bipolaris و Curvularia همراه گیاهان ذرت، سورگوم و نیشکر طی تابستان 1390 و 1391 نمونهبرداری از اندامهای هوایی گیاهان دارای علایم لکهبرگی در مزارع مناطق مختلف کشور (استانهای مازندران، گلستان، گیلان، اردبیل، زنجان، البرز، فارس و خوزستان) به عمل آمد. شناسایی گونه های قارچی بر اساس خصوصیات ریخت شناختی و اطلاعات توالی حاصل از نواحی ITS از DNA ریبوزومی صورت پذیرفت. بدین ترتیب تعداد 10 گونه شامل Bipolaris cynodontis (48 جدایه)، B. sorghicola (16 جدایه)، B. maydis (17 جدایه)، B. sorokiniana (هفت جدایه)، B. bicolor (چهار جدایه)، B. oryzae (دو جدایه) Curvularia spicifera (19 جدایه)، C. papendorfii (ده جدایه)، C. ellisii (دو جدایه) و C. hawaiiensis (یک جدایه) از گیاهان ذرت، سورگوم و نیشکر شناسایی شدند. آزمون بیماریزایی گونهها روی گیاهچههای ذرت، سورگوم و نیشکر در مرحله چهار الی شش برگی صورت پذیرفت. در نهایت بیماریزایی گونههای B. sorokiniana و B. oryzae روی ذرت و گونه B. sorghicola روی سورگوم اثبات شد. گونههای B. sorokiniana و B. oryzae برای اولین بار به عنوان بیمارگر روی ذرت در ایران گزارش می شوند.
کلید واژگان: تاکسونومی، فیلوژنی، ریختشناسی، میزبان، CochliobolusIn order to study the Bipolaris and Curvularia species associated with corn, sorghum and sugarcane, sampeling were performed from different regions of Iran (including Alborz, Ardabil, Fars, Gilan, Golestan, Khuzestan, Mazandaran and Zanjan provinces) during the summer of 2011 and 2012. Fungal species were identified based on morphological features and molecular data of ITS regions of ribosomal DNA. Eleven species including Viz. Bipolaris cynodontis (48 isolates), B. sorghicola (16 isolates), B. maydis (17 isolates), B. sorokiniana (seven isolates), B. bicolor (four isolates) and B. oryzae (two isolates), Curvularia spicifera (19 isolates), C. papendorfii (ten isolates), C. ellisii (two isolates), and C. hawaiiensis (one isolate) were identified. Pathogenicity test of the species were performed on four to six leaf stage of corn, sorghum and sugarcane seedlings. Finally, pathogenicity of B. maydis, B. sorokiniana and B. oryzae on corn and B. sorghicola on sorghum seedlings were confirmed. This is the first report of occurrence and pathogenicity of B. sorokiniana and B. oryzae on corn leaves in Iran.
Keywords: Cochliobolus, host, Morphology, phylogeny, Taxonomy -
تحقیق حاضر با هدف جداسازی و شناسایی گونه های قارچی موجود در ریزوسفر درختان بلوط در جنگل های زاگرس استان ایلام انجام شد. برای این منظور، نمونه برداری از خاک ریزوسفر درختان بلوط در مناطق مختلف جنگل های زاگرس در استان ایلام طی سال های 94-1393 صورت پذیرفت. رقت های مختلفی از سوسپانسیون خاک تهیه و روی محیطکشت های عصاره مالت-آگار (MEA)، سیب زمینی-دکستروز-آگار (PDA) و عصاره آب-آگار (WA 2%) پخش گردید. خالص سازی جدایه ها با استفاده از روش نوک ریسه روی محیط کشت غذایی PDA انجام شد. ابتدا جدایه ها با استفاده از ویژگی های ریخت شناختی شناسایی شدند. سپس، به منظور تایید شناسایی ریخت شناختی و تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه ها، شناسایی مولکولی و آنالیزهای فیلوژنتیکی با استفاده از ترادف های نوکلیوتیدی ناحیه ITS-rDNA صورت پذیرفت. در نهایت، براساس مطالعات ریخت شناختی و مولکولی، سه گونه شامل Mortierella alpina،Penicillago nodositataو Trichocladium jilongensis شناسایی شدند که در تحقیق حاضر به عنوان آرایه های جدید برای فلور قارچی ایران توصیف می شوند.
کلید واژگان: تاکسونومی، ریختشناسی، Mortierella alpina، Penicillago nodositata، Trichocladium jilongensisThe objective of the present study was to isolate and characterize of fungal species from Persian oak trees rhizosphere in Zagros forests, Ilam province (Iran). For this purpose, sampling was performed from different regions of the above-mentioned forests during 2014–15. The serial dilutions of soil suspensions were cultured on Water agar (WA 2%), Potato dextrose agar (PDA), and Malt extract agar (MEA) media. Fungi were purified by transferring single hyphal tips on PDA medium. At the first, the fungal isolates were identified using their morphological features. To confirm the morphological identification and taxonomic position of the isolates, molecular studied and phylogenetic analyses were then carried out using amplification and sequencing of ITS region of ribosomal DNA. Finally, the species Mortierella alpina, Penicillago nodositata,and Trichocladium jilongensis were identified based on morphological characters and molecular studies. These species were described and reported as new records for the mycobiota of Iran.
Keywords: Morphology, Mortierella alpina, Penicillago nodositata, Taxonomy, Trichocladium jilongensis -
توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسین B1 (AFB1)، ابتدا به کمک الگوریتم ژنتیک یک کتابخانه الیگونوکلیوتیدی اولیه (Lib1) براساس توالی آپتامری اختصاصی آفلاتوکسین B1 (bp 50 Apt1,) طراحی گردید. قدرت اتصال توالی های آپتامری کتابخانه Lib1 به مولکول AFB1 با روش داکینگ مولکولی ارزیابی و بهترین توالی آپتامری با هدف ایجاد کتابخانه جدید (Lib2) و با استراتژی کوتاه کردن تغییر داده شد. غربال مجازی توالی های آپتامری کتابخانه Lib2 از نظرقدرت اتصال به مولکول AFB1 منجر به معرفی توالی آپتامری کوتاه شده C52-T با طول bp 19 گردید. پایداری و نوع تعاملات درکمپلکس آپتامری C52-T و مولکول AFB1 با روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی و MM-PBSA مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تخمین ثابت اتصال برای توالی های آپتامری C52، C52-T و Apt1 با روش رنگ سنجی مبتنی بر نانوذرات تغییر نیافته طلا در مطابقت کامل با نتایج مطالعات درون رایانه ای بود. به نظر می رسد که تکنیک های محاسباتی از پتانسیل بسیار خوبی درمعرفی پروب های مولکولی و حساس جهت طراحی آپتاسنسورهای اختصاصی مایکوتوکسین ها برخوردار باشند.
کلید واژگان: مایکوتوکسین، الگوریتم ژنتیک، داکینگ مولکولی، دینامیک مولکولی، نانوذرات طلاSingle strand DNA or RNA known as aptamers, are able to detect the target molecule with specificity at the monoclonal antibody level. However, the placement of mycotoxins in small molecule groups and their high molecular weight differences with aptamers have become a serious challenge in introducing aptameric probes for them. In the present study, in order to achieve a new and shorter aptamers sequence for aflatoxin B1 (AFB1), an initial oligonucleotide library (Lib1) was designed based on the sequence of a known AFB1 aptamer (named Apt1, 50 bp) using the genetic algorithm. The best aptamer from the Lib1 library was selected based on the molecular docking results and has been modified to create a new library (Lib2) using the truncating strategy. Virtual screening of the Lib2 library in terms of their binding affinity over AFB1 molecule led to obtain the truncated aptamer, C52-T, with 19 bp in length. Type of interaction and stability of C52-T-AFB1 complex were investigated using molecular dynamics simulations (MD) and MM-PBSA method. The affinity constant of C52, C52-T and Apt1 aptamers over AFB1 were estimated through unmodified gold nanoparticle-based colorimetric assay. The experimentally founding and in silico results were completely consistent. It seems that the computational techniques have the great potential to introduce sensitive molecular probes to design specific mycotoxins aptasensors.
Keywords: Mycotoxin, genetic algorithm, Molecular Docking, molecular dynamics, Gold nanoparticles -
هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای (PAHs) به دلیل حضور وسیع آن در محیط و خواص سمیت، جهش زایی و سرطان زایی بعنوان یکی از مهمترین آلاینده های محیط زیست محسوب می شوند. این ترکیبات از آلاینده های اصلی خاک محسوب می شوند. یکی از روش های موثر، دوستدار محیط زیست و دارای توجیه اقتصادی، زیست پالایی خاک های آلوده می باشد. قارچ ها از موفق ترین ریزسازواره ها در حذف این ترکیبات شاخته شده اند. هدف از این مطالعه شناسایی قارچ های بومی و سازگار با ترکیبات PAH است تا با استفاده از آن جدایه ها نسبت به زیست پالایی این ترکیبات در خاک اقدام نمود. خاک آلوده در محل تجمع لجن های اسیدی حاصل از بازیافت روغن های مستعمل در اطراف شهرک صنعتی اشتهارد، بعنوان منطقه مورد مطالعه انتخاب گردید. برخی قارچ های بومی از جمله Aspergillus fumigatus ، Alternaria chlamydosporigena و Penicillium chrysogenum در منطقه آلوده شناسایی شد. برای آزمایش اثر بخشی قارچ ها در زیست پالایی PAHها، جدایه های شناسایی شده به خاک آلوده تلقیح گردید. پس از گذشت 21 و 50 روز از زمان تلقیح غلظت باقیمانده PAHها با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی جرمی اندازه گیری شد. داده های حاصله با استفاده از نرم افزار Excel و بررسی میانگین و انحراف معیار داده ها و آزمون Tukey HSD برای مقایسه میانگین داده ها، تفسیر گردید. نتایج نشان داد هر سه گونه قارچی شناسایی شده در این مطالعه بطور قابل ملاحظه ای در حذف زیستی PAH ها موثر بودند. بطوریکه بیشترین میزان حذف مربوط به نفتالن و اسنافتن بدلیل فرار بودن این ترکیبات بود. حذف بنزو [a] پایرن که سرطان زاترین PAH و در عین حال دارای بیشترین وزن مولکولی در این مطالعه است، توسط جدایه های Aspergillus fumigatus ، Alternaria chlamydosporigena و Penicillium chrysogenum به ترتیب 50%، 40 %و 32% بوده است. علاوه بر این اختلاف معنی داری بین گونه های مختلف در کاهش غلظت انواع PAH در سطح α=.05 مشاهده گردید
کلید واژگان: خاک آلوده، هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای، گونه های قارچی، زیست پالاییPolycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are counted as important pollutants due to their ubiquitous occurrence and toxicity, mutagenic and carcinogenicity characteristics. They are counted as the main pollutants of soil. One of the most effective, environmentally friendly and cost-effective methods is bioremediation of contaminated soils. Fungi have been identified as the most successful microorganisms in the removal of these compounds. The purpose of this study was to identify endemic fungal strains compatible with PAH compounds. Contaminated dumping site of acidic sludge, produced from the recycling process of used oils in Eshtehard industrial complex was selected as the study area. Some endemic fungal species including Aspergillus fumigatus, Alternaria chlamydosporigena and Penicillium chrysogenum were isolated from contaminated soil and inoculated into contaminated soil. To examine the efficiency of fungal remediation of PAHs, after 21 and 50 days of inoculation, residual PAHs concentrations were measured by Gas chromatography mass spectrometry (GC/MS). The results interpreted by the mean and standard deviation of data using Excel software and comparison of means by Tukey HSD test. The results revealed that all three fungal species, identified in this study, were significantly effective in eliminating PAHs. The highest removal rate related to Naphthalene and Acenaphthene was due to the volatility of these compounds. Removal of Benzo [a] pyrene, which is the most cancerous PAH and has the highest molecular weight in this study, was 50%, 40% and 32% by Aspergillus fumigatus, Alternaria chlamydosporigena and Penicillium chrysogenum isolates, respectively. In addition, there was a significant difference between different species in reducing the concentration of different PAHs, at α = .05.
Keywords: contaminated soil, Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs), fungal species, bioremediation -
Anthracnose disease caused by Ophiognomonia leptostyla, is the most important and widespread fungal disease on Juglans regia. Walnut disease symptomatic samples were collected from different provinces of Iran, during 2015–2016. Fungal isolates were identified based on ITS-rDNA sequence data. Variance analysis of colony growth rate (mm/day) and acervulus density on medium, was significant. Acervulus density on medium was strongly correlated with colony growth rate. The Max acervulus density was 60% and > 80% for Hamedan and Mazandaran isolates respectively. The virulence of six selected isolates was examined on cv. Chandler.</span> Virulence indices including spot diameter, disease severity, spot area average and logistic infection rate except spot number index, could successfully detect significant differences among isolates. SA-SE1 isolate from Mazandaran showed significantly the most virulence indices: disease severity (%), spot area and logistic infection rate. For the other five isolates, four significant levels in all virulence indices were observed. In summary after this isolate, other isolates including TA-ZY21, LA-SY21, U94-SR1, HA-GH22 and MA-K1 were placed in the next steps of virulence ranking. There was insignificant correlation between colony growth rate and disease severity. However, the acervulus density and disease severity were significantly correlated implying the importance of acervular conidial inoculum in secondary disease cycle progress. Disease severity was strongly correlated with number of spots, spot diameter and logistic infection rate. Disease severity was also negatively correlated with Mid-time (time to progress 50%). Moreover, there was positive relationship between logistic infection rate and three traits: number of spots, spot diameter and spot area average. This study was the first of the disease virulence components on cv. Chandler in Iran.
Keywords: cv. Chandler, disease severity, virulence, walnut anthracnose -
در جریان بازدید از شالیزارهای برنج استان های فارس و خوزستان در مرحله سفت شدن دانه ، 42 نمونه بذر گرد آوری شد. برای جداسازی Fusariumاز نمونه ها، بذرها روی محیط غذایی اختصاصی فوزاریوم (Pepton-PCNB-Agar, PPA) به دو روش ضدعفونی با محلول هیپوکلریت سدیم 1درصد و بدون ضدعفونی کشت و در انکوباتور (اتاقک رشد) با دمای 1±25 درجه سلسیوس و نور متناوب (روشنایی و تاریکی) نگهداری شدند. 26 جدایه بر اساس ویژگی های ریخت شناختی روی محیط های کشت PDA، CLAو SNAو استفاده از منابع معتبر شناسایی شد. همچنین ارزیابی فیلوژنیک (تبارزایی) 18 و 6 جدایه منتخب بر اساس توالی ناحیه ژنی TEF1-αو توالی نوکلئوتیدی ناحیه ITSانجام گرفت. نتایج نشان داد، جدایه های Fusariumمورد بررسی، متعلق به دو گونه مرکب FIESC(Fusarium incarnatum-equiseti species complex) و GFSC(Gibberella fujikuroi species complex)، به ترتیب با فراوانی50 و 46 درصد بودند. F. fujikuroiدر استان فارس و F. semitectumدر استان خوزستان بیشترین فراوانی را داشتند. در این تحقیق دو گونه F. fujikuroiو F. andiyaziمتعلق به گونه مرکب GFSCبر اساس توالی ژن TEF1-α، در دو کلاد مجزا تفکیک شدند. توالی یابی ناحیه ژنی TEF1-αبرای تفکیک و شناسایی اعضای گونه مرکب GFSCمفید است اما توالی ناحیه ITSنتوانست این گونه ها را شناسایی و از همدیگر تفکیک کند. تک جدایه F. merismoidesکه بر اساس ویژگی های ریخت شناختی شناسایی شد، توسط توالی ژن TEF1-αشناسایی نشد اما در درخت فیلوژنیک رسم شده بر اساس توالی ناحیه ITSاز جنس Fusariumتفکیک و به جنس Fusicollaو گونه F. acetilereaمنتقل شد.کلید واژگان: بذرزاد، بیمارگر، فلور قارچی، فیلوژنیDuring survey of rice fields in Fars and Khuzestan provinces at mature grain stage, 42 seed samples were collected. Fusarium isolates were obtained from these samples by planting seeds on selective Fusarium medium (Pepton-PCNB-Agar, PPA) by two methods i.e.; surface sterilization by sodium hypochlorite (NaClO 1%) and without disinfection. Cultivated samples were kept in incubator at 25±1° C and intermittent light (12 hours of light and 12 hours of darkness). Morphological identification of 26 purified Fusarium isolates was performed on the WA, PDA, CLA and SNA. Phylogenetic relationships of 18 isolates on the basis of TEF1-α gene region and ITS1-5.8S-ITS2 region sequences were investigated. The results revealed that Fusarium isolates belonged to two species complexes FIESC (Fusarium incarnatum-equiseti species complex, 50%) and GFSC (Gibberella fujikuroi species complex, 46%). Fusarium fujikuroi species in Fars and F. semitectum species in Khuzestan were most frequent. Two species F. fujikuroi and F. andiyazi belonging to the GFSC species complex were identified in two separate clades in phylogentic tree based on TEF1-α. On the basis of TEF1-α gene, F. merismoides was not identified, but the ITS region sequence was identified as Fusicolla acetilerea and differentiated this species from Fusarium species in the phylogenetic tree.Keywords: Mycobiota, seedborne, phylogeny, pathogen
-
به منظور ارزیابی پویایی قارچ Pyricularia oryzaeدر دو مرحله بلاست برگی و گردن خوشه برنج، ساختار ژنتیکی جمعیت ها برای 142 جدایه در یک مزرعه و در سه سطح با استفاده از نشانگر مولکولی SSR و پنج ترکیب آغازگر موردبررسی قرار گرفت. جدایه های موردپژوهش از دو مرحله بلاست برگی و بلاست گردن خوشه و در سه سطح جمع آوری شدند. در سطح اول جدایه های به دست آمده از دو مرحله بلاست برگی و بلاست گردن خوشه از یک مزرعه، مورد تجزیه وتحلیل قرار گرفتند. سطح دوم به جدایه های دو جمعیت برگ و گردن خوشه که از پنجه های یک بوته برنج به دست آمده بودند، تعلق داشتند و سطح سوم بررسی را نیز جدایه های سه جمعیت جداشده از سه لکه مجزا در سطح یک برگ از یک بوته برنج به خود اختصاص دادند. بر اساس فنوگرام تنوع ژنتیکی رسم شده، تمامی 142 جدایه بررسی شده تشابه ژنتیکی 89 تا 100درصد را نشان دادند. برآوردهای ژنتیکی در سه سطح موردبررسی به ترتیب میانگین جریان ژنی 62/57، 68/10 و 783/4 را بین جدایه های بررسی شده نشان دادند. ردیابی ایدیومورف های تیپ آمیزشی 142 جدایه با روش Multiplex PCR نشان داد که همه جدایه ها دارای ایدیومورف MAT1-1 هستند. این برآمدنشان دهنده عدم رخداد تولیدمثل جنسی و بیان کننده این است که تکثیر جمعیت های قارچ در سطح مزارع برنج در استان گیلان فقط به صورت غیرجنسی رخ می دهد. تنوع ژنتیکی کم و شباهت ژنتیکی زیاد جمعیت های عامل بیماری بلاست برنج در استان گیلان نیز این استنتاج را تایید می کنند.کلید واژگان: بلاست برنج، تیپ آمیزشی، جریان ژنی، نشانگر مولکولیIn order to assess the dynamic of Pyricularia oryzae at leaf and panicle neck blast stages, population genetic structures of the 142 isolates were investigated in a rice field and at three levels using SSR markers and five primer pair combinations. All the isolates were collected from the two-leaf and panicle stages at three levels. In the first level, isolates collected from leaf and panicle neck blast stages in the rice field were analyzed. In the second level, isolates belonged to the leaf and panicle neck populations were collected from tillers of the same rice hill and analyzed. In the third level, the ienvestigated isolates belonged to three populations and were obtained from three distinct leaf spots from the same rice leaf in a rice tiller. Based on constructed dendrogram for all of the 142 isolates, genetic similarity varied from 89 to 100% among the isolates. Population genetic estimations at the three studied levels showed that the amount of gene flow was 57.62, 10.68, and 4.783, respectively between the isolates. Detection of mating type idiomorphs of the studied isolates using multiplex PCR showed that all the isolates had Mat1-1 idiomorph. This indicates the absence of sexual reproduction within the M. oryzae populations in rice fields in Guilan province and the fungus reproduces only in an asexual way. Low genetic variation and high genetic similarity among the populations of the causal agent of rice blast disease in Guilan province confirm this result.Keywords: Gene flow, Mating type, Molecular markers, Rice blast
-
در این مطالعه، گونه های آنامورفی مختلف مرتبط با جنسVenturia از مناطق مختلف ایران جمع آوری و شناسایی شدند. از بین گونه های بدست آمده، گونه Venturia inaequalis به عنوان گونه غالب در ایران شناسایی شد. تعداد 10 جدایه از هر یک از گونه های V. inaequalis و V. pyrina در شرایط آزمایشگاهی دو به دو با یکدیگر تلاقی داده شدند. همچنین، جهت بررسی هموتال و هتروتال بودن جدایه ها، تعدادی از جدایه ها به صورت تک جدایه کشت شدند. برخی از جدایه های دو گونه نیز به صورت تصادفی با یکدیگر جهت بررسی مفهوم گونه بیولوژیکی تلاقی داده شدند. از این بین، هفت تلاقی بارور بین جدایه های گونه V. inaequalis و پنج تلاقی بارور بین جدایه های گونه V. pyrina به دست آمد. در کشت های تک جدایه نیز هیچ تلاقی صورت نگرفت که تائیدی بر هتروتال بودن جدایه های مربوط به هر دو گونه می باشد. بین جدایه های دو گونه هیچ تلاقی مشاهده نشد که این نتیجه نیز بیانگر دو گونه بیولوژیکی متمایز می باشد.کلید واژگان: سیب، گلابی، لکه سیاه، مرحله جنسی، VenturiaIntroductionVenturia species include many important plant pathogenic species such as Venturiainaequalis and V. pyrina causing scab or black spot on apple and pear. The Venturia teleomorph is the overwintering structure developing in leaf and fruit litters. The immersed teleomorphicpseudothecia are produced in the host tissues. This Ascomycetous genus is characterized by small, solitary, scattered or gregarious, globose, sub-globose, papillateascomata with setae around the ostiole. Asci are bitunicate, oblong to obclavate with a short pedicel or not. Ascospores ellipsoidal with broadly rounded ends, pale brown, one septate with two unequal size cells. Venturia has some species like V. inopina as homothallic and some like V. populina as heterothallic species. Sexual reproduction with producing sexual air-born spores plays an important role in distribution of disease in early spring. Therefore, awareness of sexual cycle in plant pathogenic fungi is very important due to management and forecasting probability of incidence of new genotypes (races).Materials and MethodsVenturia and related anamorphic species were collected from different places of Iran (18 provinces including Alborz, Ardabil, Eastern Azarbaijan, Golestan, Guilan, Hamadan, Isfahan, Kermanshah, Kurdistan, Lorestan, Markazi, Mazandaran, North Khorasan, Qazvin, Razavi Khorasan, Tehran, Western Azarbaijan, and Zanjan) during years 2013 and 2014. The collected specimens (800 specimens) were identified based onmorphological features. Isolation of the fungi from the infected samples was conducted using single spore method by streaking out spores on 2% water agar (WA) and culturing of single germinated conidium on potato dextrose agar (PDA). V. inaequalis was determined as a dominant species in Iran. Ten isolates from each of V. inaequalis and V. pyrina were crossed together under in vitro condition. Some isolates were cultured as single isolate in the petri dishes for investigation of homothallism and heterothallism. Several isolates from two species were crossed together to survey the biological species definition. Mature leaves of Golab apple cultivar (Malusdomestica) (for V. inaequalis isolates) and pear (for V. pyrina isolates) were washed under running tap water to remove dust and debris, and cut into 2×2 cm squares avoiding the midrib of the leaf. The leaf pieces were autoclaved and placed in petri dishes with 2% water agar. A plug of mycelium of each isolate was scraped from the edge of three weeks old colonies on PDA and mixed onto the leaf pieces with a scalpel. The plates were sealed with parafilm and placed in a sealed plastic bag. The cultures were incubated at room temperature under 12 hours light / 12 hours dark condition for 2 weeks, after which they were maintained, inverted in the dark at 8°C. The cultures were checked for the production of pseudothecia for the first time after six months.Results and DiscussionAmong crossed isolates, seven and five fertile crosses were obtained from V. inaequalis and V. pyrina isolates, respectively, after six to eight months. In single isolate cultures, no sexual fertility was observed which confirm the heterothallic nature of both species. Moreover, between isolates from two species, no fertile crosswasobtained, which is the evidence of two distinct biological species. This is the first study on sexual reproduction of thesetwo species under in vitro condition in Iran. Morphological features of obtained sexual organs in vitro were the same as pseudothecia, asci and ascospores features in vivo. All ascospores in an ascus were fertile and they germinated on water agar after 24 hours. Based on this study, isolates with two different mating types are available as tester isolates. These isolates will be useful to design the primers to detect MAT alleles. PCR based methods can be used to study population genetic diversity, phylogeny, disease epidemiology and population biology (fungal species overwintering in a region based on mating types frequencies and their proportion). Development of reliable methods of sexual reproduction in vitroseems to be a valuable toolfor studies e.g. classic genetic analysis, strains modification and a supplement for modern genetic manipulations and evolutionary analysis.ConclusionsOur results verified heterothallism in both of V. inaequalis and V. pyrinaspecies. There was nofertile cross between isolates from two species that is the evidence of two distinct biological species. In this study, some tester isolates for mating typewere obtained which appear to be useful for the next PCR-based molecular studies on MAT alleles.Keywords: Apple, Pear, Scab, Teleomorph, Venturia
-
بیماری لکه سیاه سیب مهم ترین بیماری اقتصادی این محصول است که سالیانه باعث همه گیری (اپیدمی) هایی در نقاط مختلف جهان می شود. این بیماری سالیانه باعث خسارت های کمی و کیفی در مناطق مختلف کاشت سیب در کشور می شود. در این مطالعه، تنوع و ساختار ژنتیکی جمعیت های قارچ Venturia inaequalis روی رقم های مختلف سیب با استفاده از 18 نشانگر ریز ماهواره بررسی شد. تعداد 51 جدایه حاصل از نمونه های برگ و میوه آلوده از روی رقم های سیب وحشی، بومی و تجاری در استان های شمالی کشور (مازندران، گلستان و گیلان) انتخاب و مطالعه شدند. تعداد 28 آغازگر ریزماهواره جهت بررسی تنوع ژنتیکی استفاده شدند که از بین آن ها 18 آغازگر بین جدایه های مختلف چندشکل بودند. تجزیه وتحلیل واریانس مولکولی AMOVA نشان داد، 97درصد تنوع ژنتیکی درون جمعیت ها و فقط 3درصد تنوع در بین جمعیت ها پراکنده است. مقادیر به دست آمده برای شاخص های تنوع ژنی شامل تنوع ژنی نئی و شاخص شانون و همچنین تعداد آلل های موجود در هر جمعیت، نشان داد که تنوع درون جمعیت در جمعیت حاصل از رقم های بومی نسبت به رقم های وحشی و تجاری بیشتر است. جمعیت حاصل از رقم های تجاری نیز نسبت به رقم های وحشی تنوع بیشتری را نشان داده اند. تنوع ژنتیکی زیاد این قارچ درون جمعیت ها به دلیل تولیدمثل سالیانه قارچ، جریان ژنی بین جمعیت ها و به احتمال قدمت طولانی مدت قارچ در این منطقه است.کلید واژگان: تنوع ژنتیکی، شمال ایران، لکه سیاه سیب، SSRApple scab disease caused by Venturia inaequalis is the most important economic disease worldwide where the apple is grown and causes annual epidemics. It reduces the quality and quantity of the yields in different regions of Iran. In this study, diversity and population genetic structure of V. inaequalis were surveyed on different apple cultivars using 18 microsatellite markers. 51 isolates were obtained from infected leaf and fruit specimens from wild apple, Iranian endemic and commercial apples from Northern provinces of Iran (Mazandaran, Golestan and Guilan). 28 SSR primers were used to investigate the genetic diversity of this pathogen. Among them, 18 primers showed polymorphism between isolates and populations. AMOVA analyses revealed that 97% of the variation was distributed among individuals within populations, and 3% was attributable to the differences among populations. Gene diversity indexes including Nei’s gene diversity, Shannon index and allele numbers in every population showed that diversity within the population on endemic cultivars is more than the diversity in the population of wild and commercial cultivars. Also, the population of commercial cultivars has more diversity in comparison with the wild population. High genetic diversity within the populations is caused by annual sexual reproduction, gene flow between populations and probably the existence of this fungus for a long time in this region.Keywords: Apple scab, Genetic diversity, north of Iran, SSR
-
شناسایی ایدیومورف های تیپ آمیزشی در قارچ Paecilomyces formosus، عامل بیماری خشکیدگی سرشاخه درختان پسته و برخی میزبان های دیگر و بررسی امکان تولید مثل جنسی آن در شرایط آزمایشگاهیبیماری خشکیدگی سرشاخه های درختان پسته یک بیماری مهم در مناطق پسته کاری ایران محسوب می گردد. یکی از مهم ترین عوامل قارچی این بیماری، از جنس Paecilomyces است که اخیرا بر اساس مطالعات فیزیولوژیکی و فیلوژنتیکی در گونه P. formosus قرار گرفته است. در این پژوهش با استفاده از توالی های نوکلئوتیدی ایدیومورف های تیپ آمیزشی شناخته شده در گونه P. variotii موجود در بانک ژن (NCBI)، تعداد چهار جفت آغازگر طراحی شدند و در تعدادی از جدایه های قارچ P. formosusآزمایش گردیدند و درنهایت یک جفت آغازگر شامل Mat1-1f224 و Mat1-1r224 برای تکثیر Mat1-1 و یک جفت آغازگر به نام های Mat1-2f165 و Mat1-2r165 برای تکثیر Mat1-2 انتخاب شدند. ایدیومورف های تیپ آمیزشی در 124 جدایه از گونه P. formosusکه از درخت پسته و هشت گونه دیگر شامل بنه، انار، بادام اهلی، ابریشم مصری، خرزهره، درخت گز، درختچه شوره گز، درخت تاغ و هوای باغات پسته به دست آمده بودند، نیز تکثیر شدند. درنتیجه در 50 جدایه (3/40 درصد)Mat1-1، در 59 جدایه (6/47 درصد) Mat1-2 و در 15 جدایه (1/12 درصد) نیز هر دو ایدیومورف تیپ آمیزشی تکثیر شدند. تعداد 16 جدایه از هر تیپ آمیزشی و سه جدایه که دارای هر دو ایدیومورف بودند، انتخاب شدند و روی محیط کشت PDA با حالات مختلف باهم تلاقی داده شده و در دمای 25 درجه سلسیوس و شرایط تاریکی مداوم نگهداری شدند. پس از گذشت هشت ماه، هیچ نشانه ای مبنی بر وقوع تولیدمثل جنسی مشاهده نشد.کلید واژگان: تلاقی، توالی، Mat، آغازگر، P، variotiiIdentification of mating type idiomorphs in Paecilomyces formosus, the causal agent of die-back disease in pistachio and some other hosts and investigation on the possibility of in vitro sexual reproductionPistachio die-back disease is an important disease in Iranian pistachio orchards. One of the most important fungal agents of the disease is Paecilomyces which has been recently identified as P. formosus based on phylogenetic and physiologic studies. In this study, four pairs of primers designed using mating type idiomorph sequences of P. variotii deposited in GenBank (NCBI). Designed primers were tested in some isolates of P. formosus and finally two primer pairs including; Mat1-1f224 and Mat1-1r224 for amplification of Mat1-1 and Mat1-2f165 and Mat1-2r165 primers for amplification of Mat1-2 idiomorphs were selected. Mating type idiomorphs were amplified in 124 isolates of P. formosus which have been obtained from pistachio trees and eight other species including; Pistacia mutica, Punica granatum, Prunus amygdalus, Caesalpinia gilliesii, Nerium oleander, Tamarix aphylla, Tamarix hispida, Haloxylon sp. and air of pistachio orchards. In 50 isolates (40.3%) Mat1-1, in 59 isolates (47.6%) Mat1-2 and in 15 isolates (12.1%) both idiomorphs were identified. 16 isolates from each mating type and three isolates which had both idiomorphs were selected and crossed in all of the possible combinations on PDA culture medium and cultures were incubated at 25 °C in continuous dark condition. After eight months, sexual reproduction was not observed in crosses.Keywords: Crossing, Mat, P. variotii, primer, Sequence
-
مطالعه تاثیرات قارچکش ها بر جوامع میکروبی ریزوسفر و خاک به دلیل نقش مهم و برجسته میکروارگانیسم ها در سلامت گیاه و خاک، بسیار حائز اهمیت است. در این پژوهش، تاثیر قارچکش رورال تی اس بر دینامیک و ساختار جمعیت باکتری های ریزوسفر خیار به روش توالی یابی نسل بعدی مبتنی بر ژن 16S rRNA (ناحیه V4) با استفاده از روش Illumina MiSeq sequencing، در سه مرحله رشدی گیاه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که از بین 26 شاخه و 352 جنس باکتریایی شناسایی شده برای 18 نمونه، در مجموع شاخه Proteobacteria و جنس Pseudomonas بیشترین فراوانی را داشتند. کاربرد قارچکش رورال تی اس سبب تغییر در ساختار و دینامیک جمعیت باکتریایی شد؛ کاهش فراوانی نسبی جنس Pseudomonas در مرحله اواسط گلدهی در تیمار قارچکش و مرحله آخر گلدهی در نمونه های شاهد مشاهده شد. علاوه بر این، فراوانی نسبی جنس هایSphingopyxis ، Sphingobacterium و Chryseobacterim در گیاهان تیمار شده با قارچکش در هر سه مرحله، بیشتر از گیاهان شاهد بود. تجزیه و تحلیل شاخص های تنوع نشان داد که در مجموع خاک ریزوسفری گیاهان شاهد از تنوع بیشتری نسبت به خاک ریزوسفری گیاهان تیمار شده با رورال تی اس برخوردار بودند (شانون=33/5)، ولی از نظر غنای گونه سهم خاک مربوط به تیمار رورال تی اس بیشتر بود (17/2434Chao1=). علاوه بر این، مرحله رشدی گیاه بر تعداد OTU، شاخص تنوع و غنای گونه ای (صرفنظر از نوع تیمار)، معنی دار بوده و خاک ریزوسفری گیاهان در مرحله قبل از گلدهی از بیشترین تعداد OTU، تنوع و غنا برخوردار می باشد.کلید واژگان: اکولوژی میکروبی، آفتکش های شیمیایی، متاژنومیکسStudying the effects of fungicides on rhizosphere and soil microbial communities is very important due to the critical role of microorganisms in soil and plant health. In this study, the effects of fungicide Rovral TS on dynamic and structure of cucumber rhizospheric bacteria was investigated by Next-Generation Sequencing based on 16S rRNA gene (V4 region) by means of Illumina MiSeq sequencing in three plant growth periods. Results showed that among 26 identified phyla and 352 identified bacterial genera for 18 samples, Proteobacteria and Pseudomonas were most dominate phylum and genus, respectively. Application of Rovral TS was resulted the changes in bacterial structure and dynamic. Decrease of relative abundance of Pseudomonas in middle stage of flowering in fungicide treatment and in the last stage of control treatment was observed. Moreover, the relative abundance of Sphingopyxis, Sphingobacterium and Chryseobacterim in fungicide-treated plants were more than control plant in all three stages. Analysis of diversity indices revealed that diversity in the rhizospheric soil of control plant was more than fungicide-treated plants (shanon=5.33), while species richness in control soil was greater than fungicide treated (Chao1=2324.17). In addition, the effect of plant developing stages on OUT number, diversity and richness indices (regardless type of treatment) was significant and rhizospheric soil belongs to before flowering stages benefit more diversity and richness.Keywords: microbial ecology, chemical pesticides, metagenomics
- در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو میشود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشتههای مختلف باشد.
- همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته میتوانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
- در صورتی که میخواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.